В таком случае дефис не ставится, так как при перестановке слово самозанятый становится определением: самозанятый ИП. 

Корректно: Деятельность компании регулируется региональной энергетической комиссией – департаментом цен и тарифов Краснодарского края. При этом не в официальных документах слова департамент цен и тарифов, по-видимому, можно опустить, т. к. в положении о комиссии фигурирует только первая часть названия. О том, как называть комиссию в документах, будет правильно уточнить в самой комиссии, обратившись туда напрямую. 

Ученая степень и ученое звание разделяются запятой.

Вот что говорится в экономическом словаре:

ПРЕДПРИЯТИЕ — самостоятельный хозяйствующий субъект с правами юридического лица, производящий продукцию, товары, услуги, выполняющий работы, занимающийся различными видами экономической деятельности. Различают государственные, муниципальные, коллективные, индивидуальные (семейные, частные) предприятия.

ОРГАНИЗАЦИЯ — (франц. organisation от лат. organizo — придаю стройный вид) — 1) строение, устройство системы; 2) составляющая процесса управления, суть которой — координация действий отдельных элементов системы, достижение взаимного соответствия функционирования ее частей; 3) форма объединения людей для их совместной деятельности в рамках определенной структуры; система, призванная выполнять заданные функции, решать определенный круг задач, например, предприятие, компания, школа, институт, банк, правительственное учреждение; 4) совокупность лиц, выступающих в качестве единого субъекта деятельности определенного вида, выполняющих определенную общую функцию, обладающих вытекающими из этого правами и несущих ответственность.

Запятая нужна. Ученая степень и звание являются однородными приложениями.

Название должности (директор) и ученая степень (доктор) запятой не разделяются (это неоднородные приложения).

Выбор окончания зависит от того, кто готовит кадры нефтегазовой отрасли: только определенный профессорско-преподавательский состав или учебные заведения в целом.

Запятая не нужна, т. к. приложения директор и доктор наук неоднородные: директор – должность, доктор наук – ученая степень.

Правильно: заведующий кафедрой... доктор юр. наук, профессор такой-то. Заведующий – должность, а доктор – ученая степень, это неоднородные приложения, запятая между ними не нужна.

Знаки расставлены верно. Приложения (должность, ученая степень, звание и др.), стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения, разделяются запятыми и обязательно выделяются.