Вопрос не имеет однозначного ответа. Исторически во всех названных словах общий корень, однако значения слов возникнуть и вникнуть утратили изначальную связь с семой "направленного движения куда-либо", этим можно объяснить невыделение приставок на синхронном уровне описания языка.
1. Корень, действительно, деревн-. В нем есть беглая гласная. Проверить можно, изменяя слово по падежам и числам: деревня - нет деревень.
2. Ответ аналогичен. Есть формы слов (не являющиеся отдельными, новыми словами): пять шишек, шесть кружек.
В современном русском языке в слове лестница выделяется корень -лест-.
Данные примеры иллюстрируют не чередование в корне; это примеры разных (хотя и похожих внешне) корней.
При морфемном анализе в слове фонетика выделяется корень фон- (ср. с однокоренными словами фон, фонология, фонема, фоноскоп и т. п.), асемантический элемент -ет- (интерфикс) и суффикс -ик-, при помощи которого образуются производные слова, называющие научные направления и сферы занятий, ср.: лингвист-ик-а, электрон-ик-а, энерг-ет-ик-а, систем-ат-ик-а и др. Элементы -ет- (фон-ет-ик-а, энерг-ет-ик-а и др.) и -ат- (систем-ат-ик-а и др.) могут рассматриваться либо как интерфиксы, либо как элементы, образующие варианты суффикса -ик-: -етик- и -атик-.
При синхроническом словообразовательном анализе, который опирается на смысловые связи слов в современном языке, слово фонетика считается непроизводным, суффикс не выделяется (см. «Словообразовательный словарь русского языка» под ред. А. Н. Тихонова). Такой подход основывается на сравнении общеупотребительных значений слов фон и фонетика (фон — ‘шум’, фонетика — ‘наука о звуковых средствах языка’), между которыми отношения производности на первый взгляд отсутствуют. Однако в лингвистике термином фон обозначают ‘звук’, поэтому даже при словообразовательном анализе, целью которого является не установление состава морфем слова, а анализ его словообразовательных связей, некорректно рассматривать слово фонетика как непроизводное.
Лучше перестроить фразу: Он изучает списки личного состава для замены выбывших из строя офицеров.
Этимологический корень в слове лягушка ― ляг- (от лягать). Земноводное получило название по способу передвижения прыжками.
Словарь А. Н. Тихонова отражает словообразовательные связи слов в современном языке. По мнению автора, слово лягушка утратило семантические связи с корнем ляг-, а основа лягуш- стала непроизводной и включает корень лягушк-.
В форме множ. числа род. падежа лягушек употребляется вариант с гласной е. Чередование «е // ноль звука» часто встречается при формо- и словообразовании в русском языке.
Слова лягушонок и лягушачий образованы от слова лягушка при помощи суффиксов: лягушк-а → лягуш-онок, лягушк-а → лягуш-ач-ий. В процессе словообразования происходит усечение производящей основы лягушк-.
Подробнее о процессах, служащих для взаимоприспособления морфем в производном слове, см. справочник Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников»: https://gramota.ru/biblioteka/spravochniki/russkij-yazyk-kratkij-teoreticheskij-kurs-dlya-shkolnikov/sredstvo-i-sposob-slovoobrazovaniya.
Это суффикс притяжательного прилагательного. Он присоединяется к основе слова птица (ц чередуется с ч). В других формах слова звук [и] чередуется с нулем звука, а звук [й] обозначается йотированной гласной буквой, например: птичьего, птичьему, птичья, птичье. Во всех этих формах основа слова — птичь[й].
Корень цвет-.
