При переспросе для выражения удивления, непонимания, просьбы разъяснить сказанное, внося оговорку, поправку, то есть обособляется. Это обусловлено интонацией и практикой письма. Например: «То есть, почему же тут Корделия?» -— робко спросил Левин, совершенно забыв, что фантазия изображала короля Лира в степи (Л. Н. Толстой, Анна Каренина). Ну, то есть, не знаю, не ведаю (Ф. М. Достоевский, Честный вор)._ Однако следует сказать, что такое употребление встречается не слишком часто.

Корректно считать по легенде вводным словом, указывающим на источник сообщения, и обособлять (ср. вводные слова по преданию, по слухам). Ответ № 174547 исправлен.

Тем не менее может быть вводным, в этом случае оно обособляется: Он, тем не менее, не пришел.

Попробуем объяснить детскому пытливому уму. Спросим так: зачем вообще нужна запятая? Запятую ставят тогда, когда хотят сказать: «Я еще не закончил свое сообщение, читайте дальше». А что такое деепричастия? Деепричастия (одиночные и вместе с относящимися к ним словами) обозначают второстепенное действие (а основное действие выражено сказуемым). Таким образом, отделяя запятой деепричастие, мы как бы хотим сказать, что уже сообщили об основном действии, а сейчас будем говорить о еще одном, второстепенном.
А если мы забудем про запятую и спросим, зачем вообще выделять деепричастия каким-либо знаком препинания, то можно ответить так: пунктуация вообще нужна для того, чтобы передать структуру предложения, связь между его частями. Запятая в нашем случае помогает разделить высказывание на сообщение об основном действии и сообщение о второстепенном действии.

Слово пожалуйста обособляется.

В значении наречия в основном, в достаточной степени выделение не нужно.

Слова то бишь и то есть -- союзы. Перед ними ставится запятая. Второй вариант верен.

Правильное написание: первоначальное вскрытие рекомендуется выполнить бурением так называемого опережающего ствола меньшего диаметра.

Эти сочетания не требуют обособления.

Слова тем временем вводными не являются, слова кроме того -- вводные и обособляются.