Да, именно так.

В зависимости от типа анализа структуры слова членение может быть разным.

При собственно морфемном анализе (разбор слова по составу в школьной терминологии) в слове подозрение выделяется приставка подо-, см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой и «Школьный словарь строения слов русского языка» З. И. Потихи.

Словарь А. Н. Тихонова является словообразовательным. При синхроническом словообразовательном анализе учитываются живые семантические связи в современном языке. Этимологически слово подозрение связано с исчезнувшим глаголом подозреть, который был образован от глагола зреть с помощью приставки подо-. В современном языке живые семантические связи между словом подозрение и глаголом зреть отсутствуют, поэтому при синхроническом словообразовательном анализе приставка подо- не выделяется.

В «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова 2002 года в слове последний выделяется корень последн-. Автор не выделяет корень -след-, так как между словами последний и след нет ни словообразовательных отношений (на современном этапе развития русского языка), ни прямой смысловой связи. Можно обнаружить лишь очень отделенную ассоциативную связь, глубоко историческую. Обратите внимание, в «Школьном этимологическом словаре русского языка» Н. М. Шанского и Т. А. Бобровой указано, что прилагательное последний, заимствованное из старославянского языка, восходит не к слову след, а к послѣдъ «потом, впоследствии» и последний буквально означает «следующий потом, после (чего-л. или кого-л.)». 

См. ответ на вопрос № 241652.

Корень приведенных Вами слов — скворч-. В этом корне ч чередуется с ц и появляется беглый гласный е, ср.: скворец, скворечник. От слова скворец образуется существительное скворушка (суффикс -ушк-), при этом сочетание ец, которое является суффиксом только исторически, усекается. Об истории слова скворец можно прочитать в статье «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. Обратите внимание: слово скворчонок пишется с гласной о.

Твёрдый знак не относится ни к приставке, ни к корню. Он выполняет функцию разделительного знака и находится между этими морфемами.

Подтвердить многозначность слова можно, обратившись к словарям. Для слова корень «Большой универсальный словарь русского языка» выделяет 5 значений, а «Большой толковый словарь русского языка» — 7. Речь идет именно о многозначности, а не об омонимии, поскольку между разными значениями есть связь.