1. В профессиональной речи употребление слова глина во множественном числе возможно, если речь идет о разных видах глины. В тексте, адресованном широкому читателю, предпочтительна форма единственного числа.

2. Правильно с запятой. 

3. Заявка подается в письменной и электронной форме. 

В предложениях, где подлежащее выражено сочетанием со словом несколько, сказуемое ставится в форме множественного числа, если обозначает активное и раздельное действие, в единственном — если пассивное состояние или совместное действие. В данном случае требуется форма единственного числа: возникло несколько вопросов.

Толковый словарь русского языка под ред. Д. Н. Ушакова был издан в 1935–1940. За 80 лет язык изменился, поэтому некоторые рекомендации этого словаря сейчас могут показаться странными. Норма современного русского литературного языка: изобретший. Вариант изобревший сейчас признается ошибочным.

Притяжательное местоимение наш изменяется вместе с изменением определяемого слова: нашей речи, нашу речь, нашими речами, о наших речах и т. п. Форма притяжательного местоимения его остается неизменной: его речи, его речь, его речами, о его речах и т. п.

Прилагательной полный здесь употреблено в значении «содержащий что-л.; вместивший много кого-чего-л.». В этом случае корректна форма родительного падежа зависимого существительного: жизнь, полная счастья, удовлетворения и чудес. См. словарь «Управление в русском языке» Д. Э. Розенталя.

Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).

Восвояси появилось в результате сращения в одно слово сочетания во своя си «к себе» (своя здесь – форма винительного падежа мн. числа среднего рода, а си – усилительная частица). Это выражение – калька со старославянского, а в старославянском, в свою очередь, – из греческого.

Вероятно, на согласовании по форме мн. ч. сказываются два фактора: 1) в английском языке Beatles - множественное число; 2) в русском языке существует множество названий групп, в которых используется форма мн. ч., например "Песняры" (ср. русифицированное "Битлы" - в разговорной речи).

Мягкий знак, действительно, выпадает при образований отчеств от имен, которые оканчиваются на мягкий согласный. Это норма языковая, но не юридическая. Юридических оснований для отказа в постановке мягкого знака в отчестве, насколько нам известно, нет (и приводимые Вами примеры об этом свидетельствуют).