Ошибки в «Большом толковом словаре» под ред. С. А. Кузнецова (версия 2014 года), размещенном на портале, нет. Различие в словарях, которое Вы обнаружили, свидетельствует об эволюции грамматической нормы. Еще в 1976 году в словаре «Грамматическая правильность русской речи» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской была отмечена тенденция к вытеснению родительного падежа со значением части винительным падежом: «При глаголах с общим значением «брать», «давать» (брать, взять, выпить, дать, купить, привезти, принести, съесть и под.) выбор падежной формы, в соответствии со старой нормой, определяется значением этой формы: винительный падеж обозначал полный охват объекта действием, определенное количество, родительный – распространение действия на часть объекта, неопределенное количество, например: Налей себе молока из кувшина (т. е. некоторую часть) – Выпей молоко, которое тебе оставлено. Такое разграничение конструкций существует еще и в настоящее время. Однако наряду с этим… различие между родительным и винительным падежом в описываемых конструкциях нейтрализуется, причем в современном употреблении родительный падеж в количественно-выделительном значении вытесняется винительным. Особенно активно этот процесс происходит в разговорной речи, в которой зафиксировано равное количество употреблений родительного и винительного падежа. Ср.: взять продуктов выпей воды, принеси молока, купить конопляного семени, принести хлеба, грибочков купить надо – брать укроп, дать сдачу, купить цветы, привезти сухари».

Глаголы слышать (несов. вид) и услышать (сов. вид) являются видовой парой. Видовая пара — это пара лексически тождественных глаголов сов. и несов. вида, различающихся между собой только грамматическими значениями вида.

Грамматические значения сов. и несов. вида зависят от контекста. В разных контекстах выявляются несколько типов ситуаций, которые передаются при участии глагольного вида. Подробнее о типах ситуаций и значениях несов. и сов. вида см. «Русская грамматика» (1980), т. I, § 1454.

Негативная разновидность видового значения глаголов несов. вида реализуется в ситуации, которую в грамматике называют общефактической (или ситуацией общего факта). В данном типе ситуаций используется несов. вид, при этом внимание прежде всего сосредоточивается на общем факте отсутствия действия. Во фразе Я не слышал его крика отрицается факт действия вообще, а также причастность к нему субъекта. Тем самым употребление несов. вида способствует эмоционально-экспрессивному усилению отрицания.

Однако употребление несов. вида в отрицательной конструкции, будучи обычным, не является обязательным. При употреблении сов. вида (Я не услышал его крика) отрицается факт доведения до результата действия, названного производящим глаголом. Это значение в некоторых контекстах может дополняться модальным (потенциальным) значением, которое по каким-либо причинам субъект действия должен был осуществить, но не смог, например: Я не услышал его крика. Так получилось, простите меня.

Слово также может выступать и в качестве наречия, и в качестве союза. Эта особенность функционирования слова отражена в основных словарях и грамматиках русского языка — в частности, в «Грамматическом словаре русского языка» А. А. Зализняка и в «Русской грамматике» (1980). Именно эти издания являются наиболее представительными источниками, отражающими грамматические особенности слов.

Основная цель РОС — предоставить сведения о написании слов, поэтому в этом словаре прежде всего уделяется внимание орфографии, в данном случае слитному/раздельному написанию (ср.: также и так же).

Объем БУС достаточно невелик: в нем представлено около 30 000 наиболее употребительных слов русского языка. Слово также обычно употребляется в качестве союза, а не наречия. Поэтому в БУС дано развернутое толкование значений союза также, а также в качестве наречия упоминается в конце словарной статьи как мотивирующее слово для союза также.

Также в качестве наречия имеет значение ‘вместе с тем, одновременно, равным образом’. Например:

Прекрасный человек Иван Иванович!
<…>
Очень хороший также человек Иван Никифорович.

Также в качестве союза присоединяет однородные члены предложения или предложения в составе сложного. Например:

Нам рассказали об истории города, о его достопримечательностях, также (оформляет присоединительные отношения) о его настоящем.

Правильно: аллюзия к чему-либо и (новое употребление, возникшее в результате смешения слов аллюзия и намек) аллюзия на что-либо. См.: Лазуткина Е. М. Словарь грамматической сочетаемости слов русского языка. М., 2012.

Правильно: аллюзия к чему-либо и (новое употребление, возникшее в результате смешения слов аллюзия и намек) аллюзия на что-либо. См.: Лазуткина Е. М. Словарь грамматической сочетаемости слов русского языка. М., 2012.

Прежде всего отметим, что словосочетание правила русского языка не вполне корректно: о правилах можно говорить применительно не к языку, а к правописанию (правописание и язык – не одно и то же, хотя в школе на уроках русского языка учат главным образом правильному письму, поэтому у многих и создается впечатление, что изучение языка – это изучение правил орфографии и пунктуации). Применительно к языку следует говорить о нормах – в данном случае (если речь идет о роде слова кофе) нормах грамматических. Нормы фиксируются словарями и грамматиками, и фиксация нормы, разумеется, всегда вторична: не «так говорят, потому что так в словаре», а «так в словаре, потому что так говорят».

Главная особенность нормы – ее динамичность. Если в языке ничего не меняется, значит язык мертв. В живом языке постоянно рождаются новые варианты и умирают старые; то, что вчера было недопустимо, сегодня становится возможным, а завтра – единственно верным. И если лингвист видит, что норма меняется, он обязан зафиксировать это изменение. Появление в языке новых вариантов, действительно, приводит (со временем, иногда спустя очень долгое время) к их фиксации в словарях – это не «подгонка правил под ошибки», а объективная фиксация изменившейся нормы; по словам известного лингвиста К. С. Горбачевича, научная деятельность не должна сводиться «ни к искусственному консервированию пережитков языка, ни к бескомпромиссному запрещению языковых новообразований». В то же время словари, в которых зафиксированы языковые варианты, должны выполнять нормализаторскую функцию, поэтому в них разработана строгая система помет: какие-то варианты признаются неправильными, какие-то допустимыми, а какие-то – равноправными. И это, пожалуй, самое сложное в работе лингвиста–кодификатора: определить, какие варианты сейчас можно считать допустимыми, а какие – нет. Эта работа, разумеется, всегда вызывала и будет вызывать критику, поскольку язык – это достояние всех его носителей и каждого в отдельности.

Таким образом, фиксация новых вариантов, ранее признававшихся недопустимыми, – это не самоцель для лингвиста, а его обязанность, часть его работы (не случайно В. И. Даль писал: «Составитель словаря не указчик языку, а служитель, раб его»). Вместе с тем лингвист обязан отделить правильное от неправильного, нормативное от ненормативного и дать рекомендации относительно грамотного словоупотребления (т. е. все-таки стать указчиком – для носителей языка). Критериев признания правильности речи, нормативности тех или иных языковых фактов несколько, при этом массовость и регулярность употребления – только один из них. Например, ударение звОнит тоже массово распространено, но нормативным в настоящее время не признается, поскольку такое ударение не отвечает другим критериям, необходимым для признания варианта нормативным. Хотя очень вероятно, что  со временем такое ударение и станет допустимым (а через пару столетий, возможно, и единственно верным).

После этого долгого, но необходимого предисловия ответим на Ваш вопрос. Употребление слова кофе как существительного среднего рода сейчас признается допустимым в непринужденной разговорной речи. На письме (а также в строгой, официальной устной речи) слово кофе по-прежнему следует употреблять как существительное мужского рода – такова сейчас литературная норма.

Структура предложения говорит о том, что однако относится к главной части с грамматической основой нужно обновлять, а значит, запятая перед деепричастием нужна: Однако, учитывая, что мошенники постоянно придумывают новые способы обмана, для противодействия им нужно непрерывно обновлять наши знания в области кибербезопасности.

Примеры с сайта ФИПИ и в самом деле содержат ошибки. Но заключаются они не просто в дистантном расположении причастного оборота (обособленного определения), а в таком расположении, когда это определение следует после всей грамматической основы предложения, в которой подлежащее предшествует сказуемому. В примерах же из Воробьева и Булгакова обособленные определения предшествуют грамматической основе. Если обособленное определение подчинено подлежащему, оно может предшествовать ему и находиться где угодно до этого подлежащего. Если же оно подчинено подлежащему, но находится после него, то между подлежащим и этим определением могут находиться только такие другие члены предложения, которые тоже подчинены подлежащему. Начало состава сказуемого — Рубикон, пересекать который постпозитивному определению (к подлежащему) запрещено. В предложениях с сайта ФИПИ имеются подлежащие (Нефтяные) загрязнения и Экология, остальное же (являются угрозой всему живому в Мировом океане и является одной из молодых наук) — состав сказуемого. Ошибка и заключается в том, что в обоих случаях определение к подлежащему, находящемуся в начале предложения, помещено после состава сказуемого: при этом, как очевидно, возникает впечатление рассогласования, так как при восприятии предложения мы ищем «хозяина» определения в ближайшем слева существительном, а оно ни «хозяином» не является, ни соответствующей падежной формы не имеет.

Так что формулировка «дистантное расположение обособленного определения» ущербна, она далеко не полно отражает суть дела.

Использование слова "копии" во множественном числе в предложении "Направляю в ваш адрес копии приговора суда от 01.01.2020 и решения о прекращении гражданства от 30.10.2020" грамматически корректно. В данном случае "копии" относится к нескольким документам: "приговору суда" и "решению о прекращении гражданства".