Корректно оформить некоторые части предложений как вставные конструкции: 1. На защите итоговых проектов ученик был увлечён своей темой — у него горели глаза — и с большим энтузиазмом показывал нам на проекторе слайды, отражающие основные тезисы его работы. 2. Радио, которое работало у бабушки на кухне днями напролёт (нас с сестрой это всегда раздражало), вдруг притихло, и мы были поражены наступившему молчанию.

Эти формы образованы от глаголов совершенного (забыть) и несовершенного (забывать) вида. См. раздел Вид как морфологический признак глагола  в учебнике Е. И. Литневской.

В постановке кавычек нет необходимости (но они могут быть употреблены как «средство защиты», если автор хочет оправдаться перед читателем за использование в тексте недавно заимствованного и еще не освоенного русским языком слова).

Опасность — от опасный. Это прилагательное — суффиксальное образование др.-рус. эпохи от опасъ «защита, осторожность», производного от опасти «обезопасить, защитить». Опасный буквально — «требующий защиты, осторожности».

В значении 'приспособление, механизм, соответствующие мероприятия или их комплекс, предназначенные для осуществления какой-л. деятельности' слово средство употребляется без предлога для: С. труда. С. производства. С. связи. С. передвижения. С. доставки чего-л. С. защиты. С. реабилитации.

Такие названия, как Минкультуры, Минприроды и т. п. (где вторая часть – в родительном падеже), не склоняются. Обратите внимание: официальное сокращенное название Министерства труда и социальной защиты Российской Федерации – Минтруд России. Это название склоняется: совещание в Минтруде России, Минтрудом России подготовлен законопроект.

1. Ваше первое толкование соответствует пунктуации этого предложения. Однако автор мог забыть поставить знак препинания перед я и имел в виду, что ему нужны счет, логин и пароль, а проверять их он будет утром.

2. Пришли мне счет, логин и пароль. Завтра утром я их проверю.

Наименование департамента, в котором использован предлог по, встречается еще в девятнадцатом веке; ср. департамент по ученой части. Современные названия, созданные на основе модели с предлогом по, объединяют самые разные департаменты: по работе, по развитию, по вопросам, по защите, по недропользованию, по транспорту и другие. Вывод: наименования департаментов неоднотипны с грамматической точки зрения. 

Самое простое действие для начала — заглянуть в толковый словарь русского языка и уточнить, как употребляется прилагательное закрытый, может ли оно использоваться в таком значении, какое ему приписывает автор? Фразы закрытый от волн / чужих глаз / посторонних могут выражать идею защиты. Фразы закрытый для посещения / иностранцев / для всех видов транспорта могут сообщать об избирательной предназначенности.