Если перед простым подчинительным союзом стоят усилительно-ограничительные слова (частицы, союзы или их сочетания, вводные слова) особенно, даже, в частности, в том числе,  в особенности, а именно, а также, а (но) только, как раз, лишь, исключительно, только и др., то запятая ставится перед ними, а не перед союзом.

Верная пунктуация: Перпендикуляр может быть задан, только когда треугольник повернут боком к нам.

Правильно: противень, штрихкод, рэпер.

Предложение необходимо перестроить так, чтобы каждое существительное стояло в правильной форме. Ваш вариант (Разработка аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени, контроль над этой системой и управление ею...) с этой точки зрения корректен.

В идеале, если возможно, стоит избегать и нанизывания родительных падежей (аппаратуры формирования системы передач эталонных сигналов частоты и времени).

В документах, регламентирующих названия морских судов и внутреннего водного транспорта, мы не нашли запрета на использование запятых. Правда, там есть рекомендация не использовать в названии более двух слов.

С другой стороны, бегло просмотрев списки зарегистрированных в России судов, мы не увидели ни одного названия с запятой или точкой.

Но, поскольку байдарки не подлежат регистрации, Вы можете назвать лодку как угодно. С точки зрения языка запятая стоит абсолютно верно.

Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006) указывает, что составные части арабских, тюркских, персидских и т. п. имен, обозначающие социальное положение, родственные отношения и т. п., а также служебные слова – такие, как ага, ад, аль, аш, бей, бек, заде, зуль, кызы, оглы, паша и др., пишутся, как правило, со строчной буквы и присоединяются к имени дефисом. В соответствии с этим правилом следует писать: Бухар-жырау, проспект Бухар-жырау.

Пунктуация как при слове конечно, см. "Справочник по пунктуации".

Надо поставить еще две запятые – после слова проверить в первом предложении и после слова требованиям во втором.

Ваши затруднения вызваны не вполне корректной трактовкой понятия пассивной конструкции. О пассивной конструкции имеет смысл говорить тогда, когда она противопоставлена активной; и та, и другая держатся на глаголах (включая особые глагольные формы — причастия), причем в активной конструкции это переходный глагол, а в пассивной — другая форма того же глагола, но это или форма страдательного причастия (1), или возвратная пара к исходному глаголу (2):

(1) Студент не решил задачу — Задача студентом не решена;

(2) Дворники убирают улицы — Улицы убираются дворниками.

В ваших примерах переходных глаголов и их соответственных форм нет: понятны — краткое прилагательное, нравиться — непереходный глагол. Поэтому такие предложения стоят вне противопоставления активных и пассивных конструкций.

А вот элемент значения, напоминающий значение пассивной конструкции, в таких предложениях, безусловно, есть, потому что, как Вы верно отметили, семантический субъект в них не совпадает с грамматическим, а грамматический субъект (подлежащее) совпадает с семантическим объектом. (В этом контексте в современной лингвистике принято пользоваться понятиями не логических, а семантических субъекта и объекта.) Но пассивной конструкции в них нет, а значения предложений в целом сложнее, чем в стандартной пассивной конструкции.