В этом случае запятая перед чем также не нужна, так как оборот с этим союзом не имеет значения сравнения. Сравним: Мы встречали вас реже, чем его (имеются два объекта сравнения, запятая ставится).

В слове конфеточка суффикс -очк-.

Уменьшительно-ласкательный суффикс -очк- имеет такое же уменьшительно-ласкательное значение, как и суффикс -к-, ср.: конфет-очк-а, справ-очк-а, ваз-очк-а, лент-очк-а и т. п.; берез-к-а, шуб-к-а, гор-к-а, птич-к-а и т. п.

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве», а потому оборот с этим союзом не обособляется: ...результаты, полученные автором как одним из исполнителей государственной программы при выполнении научных работ...

Верно: задолженность по пене. В дательном падеже слово пеня имеет окончание -е. Обратите внимание, что в значении 'штраф' это слово обычно употребляется во множественном числе, корректный вариант: задолженность по пеням.

В значении 'служащий иллюстрацией, богатый, изобразительный' в русском языке используется прилагательное иллюстративный. Слово иллюстрационный имеет значение 'относящийся к иллюстрации' и употребляется, например, при противопоставлении текстового материала и иллюстрационного.

Запятая не нужна. Оборот с союзом как не выделяется запятыми, если входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу (в данном предложении сказуемое отношусь не имеет смысла без сравнительного оборота).

Правы обе спорящие стороны. Слово багаж имеет собирательное значение. Это значит, что грамматическая форма единственного числа обозначает совокупность предметов. По этой причине форма мн. ч. хотя и может быть образована, но остается невостребованной.

Разницы в значении нет, запятая не нужна. Но автор текста в принципе имеет право поставить запятую, если под словами "вообще-то" он подразумевает "вообще говоря". На практике в этом случае запятая обычно не ставится.