Реальное написание слов этого типа (вид — подвид) сильно колеблется, но все больше устанавливается дефисное написание при описании подвидов, даже если вторые части могут употребляться самостоятельно в том же значении, напр.: дельфин-афалина (= афалина), антилопа-сайгак (= сайгак). Поэтому правило рекомендует для раздельного написания только соотношение "род — вид", типа рыба треска, птица иволга. Полагаем, что корректно дефисное написание камбала-калкан (но рыба камбала). Кстати, сочетание журавль стерх нигде не кодифицировано, а в Академосе есть журавль-красавка, хотя слово красавка может употребляться и самостоятельно. 

Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения. 

Правда состоит в том, что формы жил, жило, жили после частицы не могут произноситься двояко: с ударением на частице в соответствии со старшей нормой или с ударением на глаголе в соответствии с младшей нормой: не́ жил и не жи́л. Ни один из вариантов нельзя назвать ошибочным.

Если учитывать тот факт, что в школе на проверочных работах нужно продемонстрировать знание эталонного литературного употребления, можно посоветовать отвечать не́ жил — в соответствии со старшей нормой. Но вообще говоря, корректным такое задание назвать нельзя.

По правилам русского словообразования соединительная гласная о используется после основ на твердый согласный, а соединительная гласная е — после основ на мягкий согласный и ж, ш, ц. Поэтому правильным будет слово гвоздемёт (ср. гвоздезабивной). Существует, однако, ряд исключений из этого правила, куда входит в том числе слово гвоздодёр. Этим обусловлены колебания в речевой практике: гвоздемёт (по правилам) или гвоздомёт (как гвоздодёр). Поскольку слова гвоздемёт / гвоздомёт не зафиксированы в словарях, рекомендуется руководствоваться общим правилом и использовать вариант с соединительной гласной е.

Типичные фразы — напечатано в «Новом мире», опубликовали в «Звезде», появилось в «Знамени» — свидетельствуют о том, что названия журналов склоняются, если в предложении отсутствует родовое слово журнал. Но в этих случаях речь идет и о типичной ситуации — печатании печатных произведений в печатном издании. В иных случаях лаконичные предложения стоит оценивать не только с грамматической точки зрения, но и с точки зрения смысловой ясности и полноты (если автору важно, чтобы его верно поняли).

Нормативными словарями современного русского языка слова проактивный и проактивность не зафиксированы, хотя в научных текстах они употребляются уже в течение многих десятилетий. Например: В настоящее время положение о том, что явления «проактивного» и «ретроактивного» торможения следует рассматривать как очень существенные факторы забывания, прочно вошло в литературу... [А. Р. Лурия. Основы нейропсихологии (1973)]; А если все-таки обе, то какая из них первична (проактивна), а какая вторична (реактивна)? [Александр Кустарев. Равенство и неравенство // «Неприкосновенный запас», 2010].

Корректно слитное написание.

Это разные случаи. Общий принцип: искажение цитаты не допускается, но если всё же в нее вносятся какие-либо изменения, то текст цитаты должен быть четко отделен от привнесенных элементов. В «Справочнике издателя и автора» говорится о том, что в цитате могут быть расшифрованы сокращения с обязательным использованием прямых или угловых скобок в качестве знака, обозначающего границы вмешательства в цитируемый текст. В случае, обсуждаемом в вопросе № 324680, цитируемый текст искажается без каких-либо указаний на этот факт, как и на границы искажения.

Психологи пишут о том, что важно отличать вину от чувства вины. В речи это разграничение тоже прослеживается. В обсуждаемых вариантах (фрагментах неведомых нам предложений) такое разграничение не провести по грамматическим основаниям. Некие причины, о которых говорится далее, относятся к чувству вины или к вине? Смысловая неясность предопределяет вывод: ни один из двух вариантов не «лучше». Стоит обратить внимание на то, как употребляется выражение чувство вины, на возможность использования глагольных выражений чувствовать вину перед кем-либо / за что-либо / оттого что.

Пословица Много будешь знать — скоро состаришься связана с представлением о том, что знания старят человека, делая его несчастным, и употребляется как отказ объяснить, сообщить что-л. в ответ на проявленное кем-л. излишнее любопытство. Была зафиксирована, в частности, в книге В. И. Даля «Пословицы русского народа» (1853; в варианте Много знать — скоро состариться) и словаре М. И. Михельсона «Русская мысль и речь. Свое и чужое. Опыт русской фразеологии. Сборник образных слов и иносказаний» (1896–1912).

В русском словообразовании действует следующая закономерность. Существительные женского рода со значением ‘лицо женского пола’ или ‘самка животного’, образованные от существительных мужского рода при помощи суффикса -иц-, имеют ударение на том же слоге, что и в производящем слове, если последнее при словоизменении сохраняет постоянное ударение на основе (исключения — слова императрица, фельдшерица, тигрица; см.: Русская грамматика. М., 1980. Т. 1. § 382). Поскольку слово дракон имеет постоянное ударение на основе, ударение в слове драконица должно падать на второй слог.