Отглагольные прилагательные, образованные от бесприставочных глаголов несовершенного вида (ломать – что делать?), пишутся с одной Н: ломаная линия, говорить на ломаном языке, гроша ломаного не стоит.
В отличие от отглагольных прилагательных, причастия пишутся с двумя Н. Опознать причастие помогают зависимые слова: ломанная учеником деталь.
Вы правы: согласно словарям, у прилагательного корневой нет значения 'основной, главный'. В этом случае следует использовать прилагательное коренной: коренная проблема.
Написание без кавычек правильно: монастырь Коренная пустынь.
По основному правилу тире между подлежащим и сказуемым нужно. Оно может не ставиться, если логическое ударение падает на сказуемое (коренная ленинградка).
В обоих случаях определения не являются однородными, запятые не нужны.
Сочетание с дозволения N является обстоятельственным оборотом со значением условия (= «если дозволит N»), а такие обороты не требуют обособления. Однако в данном случае сочетание носит характер этикетной формулы, выделяемой с помощью запятой: С дозволения Всевышнего Аллаха, мы приведём изречения из Священного Корана.
Сравним этикетный оборот с вашего позволения, например: С вашего позволения, я расскажу для начала историю жонглера, попавшего в рай… [А. П. Ладинский. Анна Ярославна ― королева Франции (1960)].
Знаки препинания в обоих предложениях стоят верно.
В качестве общеупотребительной формы в обиходной письменной и особенно устной речи предпочтительна форма женского рода. Подробно об аналогичных случаях см. в "Письмовнике".
