Правило таково. При встрече внутри предложения запятой и тире сначала ставится запятая, а после нее тире. То есть тире не поглощает запятую. В справочнике Д. Э. Розенталя это глава "Сочетание знаков препинания".

Верно: Вы можете переписываться в беседах, не отрываясь от разговора, — достаточно просто свернуть звонок. Пересчитали комментарии с учетом только уникальных пользователей, которые оставляют меньше 11 комментариев в сутки (чтобы исключить ботов), — всё равно рост от года к году.

Второе приведенное Вами предложение сложноподчиненное, тире в нем лучше не ставить.

Пунктуационных ошибок нет, но текст небезупречен: в нем много неудачных и неправильных формулировок. Заключительная фраза, на наш взгляд, при отказе неуместна. Рекомендуем текст переписать. 

Вы правы: второе предложение противоречит первому, текст (инструкция) выглядит не вполне продуманным. Предложения лучше переформулировать.

Эта фамилия склоняется, если принадлежит мужчине: диплом выдан Сеню Егору Владимировичу.

Мужские фамилии, имеющие основы на согласные и нулевое окончание в именительном падеже (на письме они кончаются согласной буквой, ь или й), кроме фамилий на -ых, -их, склоняются как существительные второго склонения мужского рода.

Ответить на Ваш вопрос мы попросили д. ф. н. М. Я. Дымарского.

Если полагать, что грамматическая основа предложения должна с достаточной полнотой отражать его смысл, нам придется переписать всю грамматику, отказаться, например, от понятия прямого дополнения и считать, что в предложении Кошка поймала мышку сказуемое — поймала мышку.

В реальности грамматическая основа потому так и называется, что она содержит только тот минимум, который необходим для того, чтобы предложение вообще состоялось. Все остальное называют распространителями (в школе — второстепенными членами), а вот распространители бывают обязательными и необязательными. Обязательным распространитель является в том случае, если без него предложение оказывается неполным (например, Кошка поймала — неполное предложение, потому что в нем опущено обязательное прямое дополнение).

Если Вам кажется, что первая — обязательный распространитель, Вы  может считать его таковым (хотя в реальности предложение без него не становится неполным). Но это в любом случае определение, а не компонент подлежащего. Другое дело, что это определение входит в состав подлежащего, то есть ту часть предложения, которая представляет собой подлежащее со всеми его распространителями.

Такого союза то что нет в литературном русском языке, в том числе в разговорной речи (разговорная речь – это тоже часть литературного языка). Подобное употребление слов то что ошибочно. Если всё же нужно передать это неправильное произнесение на письме (например, в исследовании, посвященном неправильному употреблению), можно записать: Стало грустно от мысли, то что она не придет.

Это домашнее задание? Нужно просто немного поразмышлять. Будут трудности - пишите.

См.: Когда нужны буквенные наращения после цифр?

Байка – короткий забавный рассказ анекдотического или поучительного характера; побасёнка. // Вымысел, выдумка, небылица.

Именно слово байка указывает на то, что фраза ставит под сомнение сжигание.

Верная пунктуация: С учетом доработок передача данных между системами будет возможна не раньше июля. Мы все в ожидании, будут выходные в мае или нет. Единственное, мне не хватает данных по поставкам для корректного отображения данных. Нам надо понять, как присланный баланс бьется с данными из системы. Мы можем подскакать, как определить остатки по видам транспорта.