Вы правы, такое употребление некорректно. В приденных Вами предложениях определения относятся не к аббревиатуре ГМТ в целом, а лишь последней части термина. Корректно: Круг является геометрическим местом точек, расстояние от которых до данной точки не превосходит данное расстояние; Отметим, что геометрическое место точек, равноудалённых от сторон данного угла, состоит из...

Пока что словарями такое сокращение не зафиксировано. Считается, что приемлемы лишь такие сокращения, которые в текстах, предназначенных для широкого читателя, понятны читающему без расшифровки, что едва ли можно сказать о любом варианте сокращения термина "правильное питание". Впрочем, на сайте https://sokr.ru/ (который не является нормативным источником) приведен вариант ПП.

Английское слово policy в данном случае можно было бы перевести более удачными эквивалентами: стратегия, принципы, нормы. Составители ГОСТа, по всей видимости, руководствовались сложившимся, устоявшимся переводом данного иноязычного термина (который очевиден в силу внешнего сходства слов политика и policy). При всех сомнениях относительно "удачности" перевода, говорить об ошибке составителей ГОСТа в данном случае не приходится.

Термин ложнооперированный пишется слитно.

В данном сочетании слово памятник используется в значении "сохранившийся предмет прошлого". Действительно, есть определенное противоречие в употреблении данного слова в сочетании памятник природы, поскольку указанное значение, как правило, характеризует предметы культурного наследия человека (памятники старины,  памятники письменности, архитектуры и т. д.). Тем не менее сочетание памятник природы используется в качестве термина, в этом смысле его употребление корректно.

Населенный пункт — сочетание из официально-деловой, канцелярской речи, из военных сводок. В таких контекстах названия обычно даются как раз в несклоняемой форме. Кроме того, на несклоняемость в приведенном Вами предложении влияет и несовпадение рода термина (пункт — м. р.) и географического названия (Угодье — ср. р., Раздоловка, Малиновка — ж. р.). Так что несклонение объяснимо и корректно.

Фамилию Бугаря следует склонять. Однако не склоняют, например, французские имена и фамилии с ударным А или Я (Николя, Дюма и др.).

Словарями это слово не зафиксировано, но можно предположить, что оно состоит из приставки прото- [< греч. prōtos первый] 'первая составная часть сложных слов, обозначающая: первоначальный, первичный, напр. проторенессанс'  и сравнительно недавнего заимствования квир — 'термин, используемый для обозначения человека, чья сексуальность и/или гендерная идентичность отличаются от большинства'. Так, протоквир-теоретиком называют Мишеля Фуко, размышлявшим на подобные темы задолго до появления термина квир.