Вы совершенно правы, обратив внимание на устаревшую рекомендацию 2007 года: с точки зрения орфографических норм и тенденции в их развитии следует рекомендовать дефисное написание со строчной буквы (том-ям).

Да, здесь возможно дефисное написание:то похаживал-позёвывал, то полёживал-почитывал. 
В соответствии правилом через дефис пишутся сочетания соотносительных или близких по значению слов, напр.: грусть-тоска, путь-дорога, житьё-бытьё, гуси-лебеди, овощи-фрукты, хлеб-соль, ёлки-палки, кошки-мышки (игра), ложки-вилки, руки-ноги, один-единственный, жив-здоров, подобру-поздорову, нежданно-негаданно, худо-бедно, любо-дорого, шито-крыто, ходит-бродит, жили-были, пить-есть, поить-кормить, то-сё, так-сяк, туда-сюда.

Написание перечисленных существительных подчиняется разным правилам и закономерностям: 1) сложные существительные, состоящие из самостоятельно употребляющихся существительных, пишутся через дефис (контент-редактор); 2) написание сложных существительных с не употребляющейся самостоятельно первой частью на согласную определяется по орфографическому словарю (бильдредактор); 3) слова с первой частью видео (кроме видео-арт, видео-ввод-вывод и некоторых других) пишутся слитно (видеоредактор). 

Здесь действуют два разных правила. Экономкласс пишется слитно как сложносокращенное слово (ср.: канцтовары, драмкружок, жилплощадь). Бизнес-класс пишется через дефис по следующему правилу: сложные существительные и сочетания с однословным приложением, если в их состав входят самостоятельно употребляющиеся существительные и обе части или только вторая часть склоняются, пишутся через дефис.

В кавычках пишутся полные названия конкретных лексикографических изданий. Например: в "Словаре русского языка" С. И. Ожегова, но: в словаре русского языка или в словаре Ожегова.  

Что касается Национального корпуса русского языка, то его название пишется без кавычек, поскольку это не собственное имя, а общее название для определенного типа языковых корпусов.

Фонема — это абстрактная единица языка, представленная в речи множеством чередующихся звуков. Например, фонетисты различают звуки, которые передаются буквой р в формах цифра, цифру, цифр. Каждый из этих чуть различающихся звуков — конкретная реализация в речи фонемы <р>.

Существительное карате тоже правильно писать с буквой е. В конце иноязычных слов после согласных пишется буква е, а не э, независимо от произношения.

Корректна строчная буква, а вот вопрос об использовании кавычек спорен. 

Нужно иметь в виду, что одна из главных функций кавычек — выделительная, то есть, заключая то или иное слово или сочетание слов в кавычки, пишущий стремится обратить на них внимание. Поэтому, в частности, часто выделяются кавычками слова, употребленные в условном, ироническом, образном, необычном и т. п. значении. Однако по мере того как подобные выражения становятся обиходными (широко употребительными) в кавычки они заключаются всё реже. Например, стали писать без кавычек: часы пик; голосовать за и против; работать на отлично; живая газета и др.

На наш взгляд, условные наименования орудий пыток типа "стул ведьмы", "железная дева", "испанский сапог", "медный бык" следует заключать в кавычки, чтобы не возникало путаницы с такими же словосочетаниями в их прямом значении. 

Поскольку это неформальные и не обиходные наименования, рекомендуем писать их со строчной буквы, но в кавычках: «сонька» и «плойка». 

Да, названия стен и ворот вымышленного замка или крепости подчиняются правилу о написании топонимов.