Авторы, как правило, не своевольничают, а пишут в соответствии с "буквой закона", то есть по правилам. Правила правописания регламентируют обязательное употребление буквы Ё в книгах для младших школьников, в некоторых учебных изданиях (кстати, наряду с обязательной постановкой ударения в таких изданиях), а также в ряде слов с целью предупредить ошибочное прочтение слова (например, слова все и всё).

Верно: Доброе утро, Наташа! Добрый день, Наташа! Спокойной ночи, Наташа!

Сегодня редко встречаются приветственные формулы в виде пожеланий (Доброго Вам дня), но в XIX веке такие приветствия были распространены: "Доброго дня желаю любезному другу и благодетелю Ивану Ивановичу!" - отвечал городничий (Н. Гоголь); "Доброго вечера желаю вам, матушка" - сказал Ипатов, подходя к старухе и возвысив голос (И. Тургенев).

Приблизительное число языков, существующих сейчас в мире, составляет 3 000 (некоторые лингвисты называют число 2,5 тысячи, некоторые говорят о 4 тысячах). Точное число указать не представляется возможным (хотя такие попытки делались, называлось число 2796 языков), потому что граница между языками нередко очень условна и иногда трудно определить, что можно назвать собственно языком, а что диалектом языка.

Точка, запятая, точка с запятой, двоеточие и тире не ставятся перед закрывающими кавычками (все эти знаки могут стоять только после кавычек). Вопросительный и восклицательный знаки и многоточие ставятся перед закрывающими кавычками, если относятся к словам заключенным в кавычки. Точка ставится после закрывающих кавычек, если перед ними она употреблена в качестве знака сокращения слова.

Таким образом, Вы написали правильно.

Нет, это не уступка заблуждению, а объективная фиксация того факта, что у слова пафос на базе прямого значения 'страстное воодушевление, подъем, энтузиазм' развилось переносное значение 'основная идея, смысл чего-либо'. Развитие значения, по-видимому, шло таким образом: 'воодушевление, энтузиазм' → 'высокая идея, вызывающая такой энтузиазм' → 'основная идея чего-либо'. Употребление слова пафос  в этом значении не является ошибочным.

Слово естественно-научный образовано от основ, отношение между которыми носит подчинительный характер (естественные науки), но пишется через дефис. Это далеко не единственное исключение из правила (но, если можно так выразиться, самое «раскрученное»), ср.: гражданско-правовой (хотя гражданское право), уголовно-процессуальный (хотя уголовный процесс), лечебно-физкультурный (хотя лечебная физкультура). Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (-н-, -енн-, -ск-).