В принципе выделительно-ограничительная частица лишь может относиться как к предшествующему, так и к последующему слову (сочетанию). Другое дело, что в данном случае, если предположить, что частица относится к знаем, смысл предложения будет неясен: лишь знаем, но не можем сказать, как звали того, кому трактат адресован?.. При отнесенности частицы к придаточной части таких логических затруднений не возникает, но предложение выглядит неудачным стилистически и требует редактирования, сравним: Парадоксальным образом мы знаем лишь имя того, кому трактат адресован.

Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

Выбор между запятой и тире в бессоюзном сложном предложении (а здесь именно такие конструкции) зависит от того, какой смысл хочет выразить автор. Если он утверждает существование связи, управления и т. д., то между частями возникают перечислительные отношения, требующие оформления запятой. Если же автор хочет выразить условно-временны́е отношения, обозначаемые в языке союзами если и когда, то необходимо поставить тире (см. пункт 3 параграфа 130 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). 

Слово допустим действительно выступает здесь в качестве вводного, и его действительно невозможно убрать из предложения без потери смысла. Что касается частицы ну, то она может использоваться в разговорной речи во множестве функций, что демонстрирует словарная статья слова ну. Возможно, с помощью этого начального ну автор изображает речевые колебания, свойственные разговорному общению, ведь, судя по всему, он пытается быть на одной волне с читателем. Утверждать, что в приведенном тексте допущена ошибка, было бы слишком категорично. 

Корректор неправ. Верно: одним миром мазаны. Так говорят о людях с одинаковыми недостатками: один не лучше другого. Выражение образовано от словосочетания мазать миром и восходит к церковным обрядам помазания. В выражении употребляется не слово мир  (и не слово мирра 'ароматическая смола'), а слово миро – специально приготовляемое благовонное масло, которым священники смачивают лбы верующих, чтобы благословить их и выделить среди других. Первоначальное значение оборота – 'одной веры'. Слово миро 'благовонное масло' пишется с одной буквой р.

В этом предложении возможны варианты пунктуации, зависящие от смысла.

1. Когда мне исполнилось 5 лет, родители купили мне новую двухъярусную кровать – до этого была другая, старая двухъярусная кровать. В этом случае определения новую и двухъярусную не являются однородными.

2. Когда мне исполнилось 5 лет, родители купили мне новую, двухъярусную кровать – до этого кровать была одноярусная. В этом случае определение двухъярусную имеет пояснительный характер. Пояснительные согласованные определения не выделяются, а лишь отделяются от поясняемого определения запятой.

В этом бессоюзном сложном предложении тире поставлено корректно, так как его вторая часть может быть интерпретирована как присоединительное предложение. Однако между первой и второй частью можно усмотреть отношения причины, обоснования (вторая часть отвечает на вопрос Почему ты рушила желаний пирамиду?) и поставить двоеточие. Пунктуация в этом предложении зависит от смысла, который хочет выразить автор. Заметим, однако, что строение частей и их лексический состав не позволяет увидеть здесь перечислительные отношения, а потому запятая будет неуместна.

Как указано в «Справочнике по пунктуации», в сочетании что (,) если обычно ставится запятая, но на практике встречаются примеры оформления этого сочетания без запятой. Поскольку рассматриваемое сочетание представляет собой частицу, к тому же близкую по смыслу частице а ну как, отсутствие запятой в сочетании нельзя считать ошибкой. Постановка запятой в этом сочетании обусловлена, вероятно, тем, что местоимение что содержит в себе «следы» грамматической основы, сравним: Что будет, если?...; Что было бы, если?....

Обстоятельственные члены предложения, имеющие в своем составе производные предлоги и предложные сочетания (благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от и др.), обособляются при подчеркивании их смысла (см. § 75 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).