Написание следующего за обращением, выделяемым восклицательным знаком, слова со строчной буквы в данном случае не ошибка, а характерная особенность письменной речи XVIII-XIX вв. («Остров Борнгольм» написан Н. М. Карамзиным в 1793 году). По современным правилам пунктуации здесь, конечно, должна быть прописная буква, с этим никто не спорит. Однако в текстах русских писателей-классиков продолжение предложения со строчной буквы после восклицательного знака – не редкость. В оригинальном тексте: «Друзья!  прошло  красное лето, златая осень  побледнела...»

Очевидно, здесь прилагательное глубокий имеет значение 'затрагивающий сущность, существо чего-л.' (см. значение 5 в «Большом толковом словаре» на нашем портале), а системный — 'основанный на системе, опирающийся на систему' (см. значение 2 в том же словаре). Действительно, эти прилагательные могут быть контекстными синонимами (познание сущности, существа чего-либо может означать познание системы), а следовательно — отделяться друг от друга запятой. Окончательное решение о смысле своих слов принимает автор текста.

Сочетание избыточно. Наречие вполне указывает на полную меру проявления признака. Значит, у слова, с которым оно сочетается, должно быть значение признака градуируемого, способного проявляться в разной степени. Например: вполне доволен (довольным можно быть в разной степени; ср.: вчера я был не очень доволен своим ответом, а сегодня вполне), вполне готов, вполне определённый ответ, вполне достаточно. А вот великолепным нельзя быть в меньшей степени, этим словом мы обозначаем высокий уровень красоты, синонимы — прекрасный, восхитительный, отличный. 

Да, местоименное слово что в значении «который» может использоваться в придаточных определительных предложениях, относящихся к одушевленным существительным, например: Александр Романов, офицер, что был у вас дома и рассказывал о Фоме, снова арестован и сидит у нас... [Даниил Гранин. Зубр (1987)]; Соседка, что жила напротив и приходила поздно, горячилась больше всех [Юрий Трифонов. Дом на набережной (1976)]. Как и перед любым придаточным, запятая перед ним нужна.

См. также ответ на вопрос 315841.

Фразеологизмы считаются лексическими единицами, поскольку по всем своим свойствам, кроме состава, они близки к словам. В частности, для фразеологизмов характерно постоянство состава, воспроизводимость (они используются в речи как готовые единицы языка, в отличие от свободных словосочетаний, которые мы конструируем); значение фразеологизма не равняется сумме значений его компонентов (как у свободного словосочетания). То есть фразеологизмы — это единицы, формально бóльшие, чем слово, которые ведут себя как слово, логично изучать их на лексическом уровне.

Обратимся к "Проверке слова" на нашем портале:

ФАВОРИТ¹ м.

1. Любимец влиятельного или высокопоставленного лица, имеющий благодаря этому какие-л. выгоды. // разг. Тот, кому отдают предпочтение перед другими; любимец, любимчик.
   
2. Любовник государыни или иной высокопоставленной дамы, влияющий на государственные или общественные дела.
   
   
   ФАВОРИТ² м.
3. Лошадь, которая - по общему мнению - имеет наибольшие шансы на первенство, на которую на бегах ставит большинство.
   
4. Сторона, имеющая - по мнению публики - наибольшие шансы на выигрыш в различного рода играх и состязаниях.

А. В. Суперанская, один из лучших специалистов по ономастике, считала, что «номенклатурные термины [родовые понятия] составляют неотъемлемую часть географических названий», однако в своих публикациях она часто пишет о «собственно названиях», отделяя их от родовых слов-понятий. Объединяющим термином у А. В. Суперанской часто выступает слово топоним (см., например: Суперанская А. В. Прописная и строчная буква в собственных именах различных категорий // Орфография собственных имен / отв. ред. А. А. Реформатский; АН СССР, Ин-т рус. языка. М.: Наука, 1965. С. 25–43).

Вы привели разные по сути примеры. В предложении Мы писали сочинение на тему «Как я провёл лето» слово тема обозначает и заголовок сочинения, поэтому формулировка темы заключается в кавычки (обратите внимание, что двоеточие здесь не нужно, «Как я провёл лето» — это приложение к существительному тема). В предложении Автор ставит проблему: какой опыт приобретает молодой человек, служа в армии? формулировка проблемы не требует заключения в кавычки, если это не дословная цитата из анализируемого текста.

Возможны варианты.

СХЕМАТИЧЕСКИЙ, -ая, -ое.
1.
Представленный в виде схемы (1 зн.). С-ое изображение телеграфного аппарата. С-ие карты.
2.
Представленный в главных, общих чертах (обычно в упрощённо-обобщённом, шаблонном виде). С-ое изложение. С. показ действительности в фильме. С. образ. < Схематически, нареч. Говоря с.
Представить с.

СХЕМАТИЧНЫЙ, -ая, -ое; -чен, -чна, -чно.
=Схематический (2 зн.). С. взгляд на проблему. Моя формула счастья довольно схематична. < Схематично, нареч. Познакомить со своим романом бегло, с. Лицо изображено весьма с. Схематичность, -и; ж. С. описания. С. пьесы.