Возможны варианты в зависимости от смысла. Оборот как администратора доходов обособляется, если имеет добавочное значение причины (поскольку Департамент информационной политики является администратором доходов, у него заключен договор...). Если такого значения нет (т. е. как имеет значение «в качестве»), запятые не нужны.

Постановка знака зависит от смысла. Если до этого уже разрабатывались биологически активные пептиды (были старые, а теперь разработаны новые), запятая не нужна. Если же новизна именно в том, что были разработаны биологически активные пептиды («новые, а именно биологически активные»), запятая нужна.

Определение, относящееся к двум или нескольким существительным – однородным членам, ставится в форме единственного числа, если по смыслу сочетания ясно, что определение относится не только к ближайшему существительному, но и к последующим. Поэтому мы рекомендуем использовать форму ваше (в единственном числе).

Категория одушевленности - это грамматическая категория. Однако одушевленность (как вариант склонения) определяется с учетом семантики (значения) слова. В случае со словами молодежь, детвора и студенчество отнесение их к числу одушевленных или неодушевленных лишено смысла (такое отнесение ни на что не влияет).

Либидо – 1) стремление к сексуальной активности, выражающееся в сексуальном фантазировании, поиске сексуальных стимулов, мыслях о сексуальных аспектах жизни, интересе к осуществлению полового акта; 2) одно из основных понятий психоанализа Фрейда, означающее лежащую во всех сексуальных проявлениях индивида специфическую психическую энергию.

В таких предложениях оборот со сравнительным союзом тесно связан по смыслу со сказуемым, поэтому запятыми не выделяется. Ср. пример в параграфе 42.2 справочника Д. Э. Розенталя «Справочник по русскому языку. Пунктуация»: В прошлое мы смотрим будто сквозь хрустальную призму.

Несогласованное определение из числа желающих не обособляется: определяемое нарицательное существительное лица само по себе не способно полноценно выразить смысл в данном контексте. См. примечание к параграфу 54 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

В обоих случаях запятые нужны. Оборот со значением отождествления, приравнивания не выделяется, когда речь идет о каком-то предмете, человеке. В Ваших предложениях сравнительные обороты уточняют, конкретизируют признак (плотный, сумрачно). Они не образуют смысловой центр высказывания, а вводят некоторый дополнительный смысл. 

Количество вставных конструкций внутри вставных конструкций нигде не регламентировано. Но здравый смысл подсказывает, что если их окажется больше двух, то текст будет плохо понятен читателю. Кстати, в правилах пунктуации указано: если вставка заключена в скобки, то внутренние вставные конструкции выделяются тире.