Предпочтительно согласование в женском роде (в соответствии с родом опорного слова).
Согласны с Вами, употребление слова учинить здесь необоснованно, корректно: внести запись.
Словарной фиксации нет, но более логичным будет дефисное написание этого слова.
Непонятны основаня для запятой после слова "три". В остальном все верно.
Правильно: положить в папку. Слова покласть нет в русском литературном языке.
Все обозначенные запятые нужны: обособляются причастные обороты, стоящие после определяемого слова.
Если нет родового слова, такие названия нужно склонять как обычные существительные.
Вопрос, скорее, не в написании, а в употреблении слова. Попробуйте перефразировать.
Эти слова образованы идентичным способом, который называется безаффиксным или "нулевой суффиксацией".
Вы правы, в таком контексте эти слова пишутся с маленькой буквы.