В этом предложении запятые не требуются.
Запятые здесь ставятся в соответствии с основным принципом русской пунктуации – структурным (синтаксическим), по правилу обособления определительного оборота, стоящего после определяемого существительного.
Лучше поставить тире, так как в предложении содержится резкое противопоставление и, кроме того, его первая часть представляет собой номинативное (назывное) предложение (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, параграф 32).
Правильно: Сладкие, терпкие ярко-красные ягоды символизируют корневую чакру, кровь и плодородие. Прилагательные сладкие и терпкие обозначают вкус, ярко-красные - цвет.
Здесь верен второй вариант. Главная часть образует с придаточной так называемое местоименно-союзное предложение: средством связи в нем служит не только союз что, но и местоименное наречие так. Сложноподчиненные предложения этого типа имеют значение степени, следствия. В нашем случае следствие из того, что Романов был встревожен и занят своими мыслями, состоит в том, что он не мог понять, который час (а не в том, что он видел стрелки на циферблате). Следовательно, союз что относится не столько к сочетанию видел стрелки на циферблате, сколько к сочетанию не мог понять. Получается, что сказуемые видел и не мог понять являются однородными, образуя одну придаточную часть (представляющую собой неполное предложение, подлежащее в котором восстанавливается из предыдущей части).
Перед одиночным союзом или запятая в таких случаях не ставится. В приведенном Вами предложении содержится сочетание ли... или, которое рассматривается как повторяющийся союз (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, примечание к п. 3 параграфа 30.1).
Все три выражения являются правильными. Отметим отличия, на которые и Вы обратили внимание. Оборот с предлогом по используется в качестве официального наименования территориального подразделения УМВД, а следовательно, предпочтителен в текстах, где важна номинативная точность. В двух других случаях сфера употребления оборотов намного шире, не стандартизирована, выбор конструкций может диктоваться смысловыми особенностями высказываний и стилистическими свойствами текстов.
Названные слова не являются синонимами, поскольку не имеют совпадающих или близких значений, хотя объединяются тематически. Исцеление обозначает процесс (выздоровление, восстановление сил, в частности; см. толкование глагола исцелить), слово лекарство обозначает средство, с помощью которого происходит процесс исцеления.
Правило «одной запятой» при пояснительных членах предложения касается только согласованных определений, стоящих перед определяемым словом: особенная, тяжёлая духота; наша, человеческая точка зрения; тридцатая, последняя верста. К этому ряду относится и сочетание пятая, решающая игра. Все другие пояснительные члены предложения (несогласованные определения, обстоятельства и т. д.) выделяются с двух сторон.
О знаках препинания при оборотах с союзом в том числе см. в «Справочнике по пунктуации». Обратите внимание: в Вашем предложении союз неуместен, так как не указано обобщающее понятие для частных понятий, упоминаемых после в том числе. Сравним: Государственная регистрация нормативного правового акта Минюстом России включает в себя различные виды экспертизы нормативного правового акта, в том числе правовую и антикоррупционную.
См. также ответ на вопрос 308092.
