Частица -то с предшествующим словом пишется через дефис: Вы-то. Раздельно писать нельзя.

Запятая не нужна: вводное слово, стоящее в начале или конце обособленного оборота, никаким знаком препинания от оборота не отделяется: Проблема продвижения брендов, правда детских, рассматривалась на семинаре.

Возможны разные варианты, предпочительным кажется такой: по формуле «три Н» («Никого над нами»).

В том же параграфе «Однородные и неоднородные приложения» в справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» есть небольшое примечание: «Неоднородные приложения, стоящие перед определяемым существительным, становятся однородными в положении после определяемого слова». Таким образом, запятая не ставилась бы, если бы фамилия стояла в конце, после указания должности и званий. А в рассматриваемом контексте запятая нужна.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Справочник А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой допускает разные виды выделения небольшого количества текста на письме: курсивом, полужирным, прописными буквами. Однако «наиболее широко применяется светлый курсив (для скрытых в тексте рубрик, логических усилений, мнемических справочных выделений, небольших по объему структурных выделений)».

Современной орфографической норме соответствует только написание мелочовка. Написание через ё фиксирует Большой толковый словарь русского языка, но в вопросах орфографии последнее слово — за орфографическим словарем, не за толковым. 

Ваши рассуждения верны. Заметим, правда, что пунктуационное оформление присоединительного оборота с сочетанием по крайней мере не зависит от того, сложное предложение или простое: Мы надеемся, что, по крайней мере в этот раз, всё будет иначе; Я не сдамся, по крайней мере в этот раз.