В первом предложении запятая не ставится: оборот с союзом как имеет значение приравнивания и отождествления.

Во втором предложении запятая не ставится: как употребляется в значении "в качестве".

В третьем случае запятые перед как и после командира нужны: приложение с союзом как имеет дополнительное значение причины.

Нормой современного литературного языка является произношение этого термина с ударением на третьем слоге: аксиогра́фия. Однако в профессиональной речи медиков ударение в словах с финалью на -ия нередко перемещается на первый гласный финали -и́я: мани́я, фоби́я, рефлекси́я и т. п. 

В первом случае нет оснований для постановки запятой перед тире, отделяющим последнюю часть бессоюзного сложного предложения: Долгосрочные действуют несколько лет, точный срок зависит от цели пребывания — это может быть учёба, работа, лечение. Во втором и третьем случае запятые нужны, они закрывают обособленные обороты.

Запятые не нужны. Если два однородных члена предложения с союзом и образуют тесно связанную по смыслу пару, соединенную союзом и с третьим однородным членом, запятые не ставятся: На огромном расстоянии разлёгся город и тихо пламенел и сверкал синими, белыми, жёлтыми огнями (парная группа пламенел и сверкал).

1. Если части сложносочиненного предложения представляют собой побудительные предложения, запятая перед союзом и не ставится. Таким образом, запятая перед союзом не требуется в обоих примерах.

2. Если речь идет о третьем лице, Наталья является не обращением, а подлежащим (молодец – сказуемым). Запятая между подлежащим и сказуемым не ставится.

В первых двух примерах возможны оба варианта. При этом форма единственного числа сказуемого указывает на совместное действие, форма множественного числа – на раздельное совершение действия.

В третьем случае верно: Двадцать один человек ушел. При составных числительных, оканчивающихся на один, сказуемое, как правило, ставится в форме единственного числа.

Пунктуация верна. Однако в третьем предложении, на наш взгляд, более подходящим знаком является тире. Однородные компоненты объявляет арестанта преступником и выносит смертный приговор по смыслу подчинены сочетанию идёт против своей совести, они показывают, что именно совершает прокуратор против совести. Эту смысловую подчиненность, пояснительный характер компонентов можно показать знаком тире.

В первой части — преуспеете (главный член определенно-личного предложения в форме простого глагольного сказуемого), во второй — не придется валять дурака (главный член безличного предложения в форме составного глагольного сказуемого с модальной связкой, смысловой компонент выражен фразеологизмом), в третьей — вы станете человеком (составное именное сказуемое с полузнаменательной связкой).

Запятая не нужна. Если два однородных члена предложения с союзом и образуют тесно связанную по смыслу пару, соединенную союзом и с третьим однородным членом, запятая не ставится: Врач выписал и оставил листок нетрудоспособности и порекомендовал записаться на прием в поликлинику (парная группа выписал и оставил с общим второстепенным членом листок нетрудоспособности).

Наращения падежного окончания используются только при порядковых числительных: 2-х (вторых), 3-х (третьих) и т. д. Обратите внимание, что если числительное оканчивается на согласную, то используется однобуквенное наращение: 3-й ряд, но из 3-го ряда. 

Если же цифрами обозначено количественное числительное (т. е. числительное, обозначающее число, количество предметов), то буквенное наращение не требуется.