Сегодня только один вариант соответствует орфографической норме: прийти.
Произносится вря[т] ли. Произнесение вря[д] ли неправильно. См.: Каленчук М. Л., Касаткин Л. Л., Касаткина Р. Ф. Большой орфоэпический словарь русского языка. М., 2012.
Наречные сочетания по порядку и один за другим синонимичны, поэтому запятая нужна.
Русская графика не располагает специальными средствами для обозначения этого специфического звука - "а" на вдохе. Вопрос о том, что было "изначально" - междометие на вдохе или на выдохе, - к сожалению, не имеет надежного решения: мы не можем установить, как именно наши предки произносили это слово.
Раньше, действительно, говорили по-другому. И не только эти слова. Дело в том, что все живые естественные языки со временем меняются.
Орфографический словарь
Правильно: полный (полон) кого-чего в значении 'содержащий что-либо, вместивший много кого-чего-либо' (шаланды, полные кефали) и полный (полон) кем-чем в значении 'наполненный чем-либо доверху, до краев; всецело увлеченный чем-либо' (канавы полны водой, душа полна любовью). Таким образом, возможны варианты: ботинки, полные воды (такие, в которых проникло много воды) и ботинки, полные водой (до краев наполненные водой).
Первый вариант стилистически нейтральный, второй уместен в народно-поэтической речи.