В сочетании самый главный можно увидеть лексическую избыточность (главный — это уже самый важный, основной). Тем не менее сочетание это не ошибочно, оно широко используется и в живой речи, и в художественной литературе (как в классических, так и современных текстах). Слово самый здесь добавляет экспрессии, так что оно не лишнее.

В Бабьем Яре — рекомендация «Словаря собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко. На практике употребляются оба варианта, в том числе в художественной литературе и публицистике (но в романе Анатолия Кузнецова используется вариант в Бабьем Яре).

Знаки препинания верны. Только вместо дефиса (-) нужно поставить тире (—).

Правильно: на Украину, в Россию, на Кубу, в США, в Канаду. Сочетаемость предлогов в и на с определенными словами (в том числе географическими названиями) объясняется только традицией. В других языках такое тоже бывает.

До скольких – корректный вопрос о времени, это не просторечие.

Да, еще несколько лет назад мы отвечали, что слитное написание минимаркет ошибочно. В 4-м издании академического «Русского орфографического словаря», которое вышло в 2012 году, было указано, что мини… как первая часть сложных слов пишется через дефис, а исключений только два: минивэн и минипьяно.

Но сейчас академический орфографический ресурс «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН расширил список исключений. Словарь указывает, что слитно пишутся такие слова, как минивэн, минимаркет, минимобиль, минипиг, минипьяно, миницикл.

Таким образом, современной орфографической норме отвечает слитное написание минимаркет.

Вы написали верно (раздельно), поскольку в данном случае абсолютно близко по значению слову вовсе и подчеркивает отрицание.

От официального названия Департамент здравоохранения возможно образование сложносокращенного слова Депздрав, поэтому сочетание Депздрав Москвы орфографически корректно. Однако официальным сокращенным названием, как, например, Минюст, Минтранс, это сочетание не является. От описательного оборота департамент здравоохранения образуется нарицательное слово депздрав (ср.: колхоз, исполком). Употребление оборота депздрав Москвы в качестве неофициального обозначения организации возможно. 

Запятая не нужна.

Запятая нужна. Сочетание аты-баты, задающее ритм считалке, близко к междометию. Оно, как и междометие, не является членом предложения, не связано с другими словами в предложении, имеет самостоятельное интонационное оформление. Отсутствие запятой, полагаем, ошибкой является, однако не такой ошибкой, за которую следует снижать оценку в школе.