Слово темнота употребляется в форме множественного числа. Примеры встречаются весьма нечасто, но все-таки их можно найти в научных, публицистических и художественных текстах. В качестве иллюстрации приведем фрагмент из газетной статьи: «Москву-реку в этот вечер вдруг стало не узнать: серебристо-голубая, с фиалковыми темнотами там и сям, она бесовски смахивала на море» («Комсомольская правда», 27.06.2006).

Обстоятельство незаметно для себя как таковое не требует обособления, однако в параграфе 77 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина указано, что обстоятельства, выраженные наречиями (с зависимыми словами или без них), могут обособляться «для смыслового подчеркивания»; сравним один из приведенных там примеров: И вот, неожиданно для всех, я выдержал блистательно экзамен… (Купр.).

Действительно, *по возвращению домой (=после возвращения домой) — грамматическая ошибка: выбрана неподходящая падежная форма. *Олеси пришлось уйти — ошибка скорее орфографическая: выбрана неправильная буква в окончании дательного падежа существительного первого склонения, проверяемая формами слов с тем же окончанием (того же типа склонения), в которых проверяемый гласный находится под ударением: земле́, весне́ (см., например, параграф 67 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Как явствует из интернет-источников, симбионт и симбиот имеют разные значения. Симбионт — организм, участник симбиоза, а симбиот — представитель инопланетной расы, появляющейся в американских комиксах. Пример из НКРЯ: Предположительно, герой Тома Харди в картине будет противостоять серийному убийце Клетусу Кэссиди в исполнении Вуди Харрельсона, тело которого, как и в случае с персонажем Харди, захватит инопланетянин-симбиот.

Подобных примеров там 7, а примеров на симбионт 27.

Поэтому они, конечно, не равнозначны. 

Слово бой в значениях ‘сражение’, ‘напряженная борьба’, ‘поединок боксеров’ в предложном падеже с местным значением имеет форму в бою. При объектном значении падежа рекомендуется форма в бое: нуждаться в бое (см. Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 1999. С. 37). В значении ‘однородные звуки’ (бой часов и т. п.) слово бой образует форму предложного падежа в бое.

В нормативных словарях русского литературного языка существительное буянка не зафиксировано, однако в художественных и публицистических текстах оно (как окказионализм) изредка встречается: Преполовенская легонечко усмехалась, посматривала искоса на буянку, а сама притворялась, что глядит на улицу [Ф. К. Сологуб. Мелкий бес (1902)]; Но, если вы думаете, что в современном мире все извратилось, в том числе и отношения между мужчиной и женщиной, и парни стали предпочитать милым, робким, кротким девушкам неистовых буянок, то глубоко ошибаетесь [- Кать, не плачь! // Аргументы и факты, 2004.01.27]. 

Согласно правилам, определения-прилагательные однородны, если характеризуют предмет с одной стороны (см. параграф 37 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), то есть быть синонимами они не обязаны, сравним приводимые в параграфе примеры: старый, скрипящий вагон; тяжелая, отсыревшая стена; резкий, холодный ветер. Прилагательные высокий и широкоплечий характеризуют людей с одной стороны — физической, а кроме того, они сближаются на основе сходства производимого впечатления ('могучие люди'). Значит, они однородны: В комнату вошли два высоких, широкоплечих баскетболиста.

Корректно: Площадь трубы круглого сечения должна соответствовать тем же значениям, что и прямоугольного.

Вы привели в качестве примеров сложные предложения. Если речь идет о таких случаях, то пунктуация зависит не от повтора слов, а исключительно от строя предложений, отношений между их частями, а также от интонации.