Наречие фактически не требует постановки знаков препинания. Поскольку в предложении оно находится между однородными подлежащими Миша и Вова с одной стороны и сказуемым братья с другой, тире в предложении не ставится (см. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Миша и Вова фактически братья, так как с раннего детства росли вместе. 

В этих случаях постановка запятых факультативна и зависит от того, что́ автор хочет акцентировать. Сравним подобные примеры, допускающие двоякое прочтение, в учебном пособии А. Ф. Прияткиной «Русский язык: Синтаксис осложненного предложения» (М., 1990): Это случилось в одной гористой местности (,) на юге Италии; На берегах этих рек (,) в глубоких норах (,) живут водяные крысы (с. 75).

См. также ответ на вопрос 318421.

Оборот со словами несмотря на может не обособляться только в случае, если он стоит непосредственно после глагола (см. параграф 75 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), сравним: Он это сделал несмотря на запрет врачей; Несмотря на запрет врачей, он это сделал; И, несмотря на запрет врачей, он это сделал. В приведенном предложении оборот следует обособить.

Грамматически не правильно ни то ни другое. Вообще говоря, в Библии на церковнославянском языке такой фразы нет. В библейском тексте на русском языке высказывание, приписываемое царю Соломону, передано так: …во многой мудрости много печали; и кто умножает познания, умножает скорбь (Еккл. 1:18). Если всё же требуется придать этой мысли церковнославянскую форму, то можно избрать такой вариант: Многая знания — многия печали.

Если подлежащее выражено указательным местоимением это, тире между ним и именным сказуемым не ставится: Ну, для меня это обычное явление. Исключение составляют случаи, когда контекст диктует интонационное подчеркивание и подлежащего, и сказуемого, например: Ну, для меня это — обычное явление, а всё другое — необычное. См. пункт 1 параграфа 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Часть а там — всего лишь хитрый бюрократ представляет собой предложение с отсутствующим сказуемым, не восстанавливаемым из контекста (так называемое эллиптическое предложение). В таких предложениях на месте отсутствующего сказуемого обычно ставится тире (см. «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), параграф 18). В Вашем случае тире после обстоятельства там уместно еще и потому, что оно обозначает паузу, создающую эффект неожиданности.

Союз если часто употребляется, выражая условные отношения, сам по себе, без второй части то (см., в частности, многочисленные примеры в «Большом толковом словаре»), поэтому в постановке тире вместо запятой нет необходимости. Вместе с тем, если в сложноподчиненном предложении с условными отношениями придаточная часть предшествует главной, такое тире может быть поставлено — см. об этом пункт 1 параграфа 38.1  справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Это восходящее к старославянской конструкции «двойного дательного»  (ср. ст.-сл. чаѭще ему живу быти ‘они надеялись, что он был живым’)  употребление прилагательных и причастий в предикативной функции с инфинитивом (обычно быть): быть ему (1-й дат.) убиту (2-й дат.); ср. Это не помешало мне  быть задержану после (Пушкин). С 15 в. в литер. яз. постепенно вытеснялось творительным, но сохранялось до сер. 19 в.

Очень интересный вопрос. Это выражение новое и словарной кодификации не имеет. Очевидно, что оно образовалось по модели долгоживущий. Наличие определения самый дает основание сделать вывод о том, что долгоправящий стало словом, а значит, в таком контексте требует слитного написания. Ср.: Период полураспада самого долгоживущего изотопа плутония ― примерно 75 миллионов лет, а единственного пока изотопа курчатовия ― всего три десятых секунды! (Из журн. «Химия и жизнь» 1968 г.)

В параграфе 45.8 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в подобных предложениях слова знаешь (знаете) и видишь (видите) употребляются «близко к частице». Сравним приводимые там примеры: А нам за это знаешь что будет?; Там знаешь какое положение?; А бабка Варвара видишь что делает? и т. п. Грамматическая основа в предложении указана Вами верно (подлежащее — обычай, сказуемое — какой).