Да, в обобщенном значении 'государственное образование в составе федерации' сочетание субъект федерации пишется строчными (если речь идет, например, о штатах США или Индии, швейцарских кантонах, землях Австрии или Германии и т. п., хотя такое употребление встречается нечасто). Однако если речь идет о субъектах Российской Федерации (государственно-правовых образованиях, входящих в состав Российской Федерации), слово Федерация пишется с большой буквы, т. к. употребляется здесь в значении 'Российская Федерация', т. е. является именем собственным.

Да, достаточно просто коллега. Сочетание коллега по работе лексически избыточно.

Пробел ставить не надо: Вот сайт http://google.ru, он очень хороший.

По правилам в сложноподчиненном предложении между главной и придаточной частью запятая не ставится, если придаточная часть усечена до одного союзного слова: Впрочем, знаю кто. Интересно почему. Не знаю откуда. В то же время Д. Э. Розенталь отмечает, что при усиленном логическом выделении местоимения запятая перед ним возможна, а вопросительная интонация может оправдывать и постановку тире: Как думаешь — что?

Слово прообраз пришло из церковнославянского языка, где означало, как указано у В. И. Даля, 'предзнаменование, предуказание в будущем подобного тому, что совершается в данное время'. Написание закрепилось и стало традиционным. К тому же слово прообраз значит 'то, что служит образцом для чего-л.', и оно не обязательно связано с чем-то старым. Например, прообразом может быть какой-то человек, вдохновивший автора на создание литературного персонажа.

Действительно, фраза построена с ошибками. Верно: поблагодарить за сотрудничество. Слова "в этом направлении" - лишние.

Знаки препинания расставлены верно. За суходолом — уточняющее обстоятельство места, вся в зарослях бледно-розовой таволги — постпозитивное определение. 

Да, должно быть: звериных логов. Логово склоняется как болото.

Замена обязательна, но не обязательна эта.