В независимых восклицательных и вопросительных предложениях (часто со словами только, уж) пишется отрицательная частица не. Частица ни пишется в придаточных предложениях.

С точки зрения русского языка корректны оба варианта: и с предлогом в, и со словами на территории. Предпочтительного нет, выбор за автором текста.

В данном случае правила как такового нет. Можно говорить о синтаксических нормах современного русского языка, которые предполагают, что при нейтральном словопорядке в субстантивных словосочетаниях определяющее предшествует определяемому, что ярче всего проявляется в сочетаниях «прилагательное + существительное» (голубое небо, но не небо голубое). Та же тенденция реализуется и при сочетании личного имени с т. н. аппозитивным определяющим (приложением): художник Смирнов, сантехник Петров, президент Сидоров. Ср. утверждение из «Русской корпусной грамматики»: «В прототипических аппозициях с именем собственным типа поэт Иванов базовый порядок в русском языке предполагает предшествование сортового имени имени собственному» (раздел написан Н. Н. Логвиновой). При этом предполагается, что в прошлом случаи постпозиции приложения были гораздо более распространены, следами чего являются сочетания типа Максим Грек, Николай Чудотворец и т. п.

Издательские правила гласят: «Обозначения физ. величин нельзя отрывать от цифровой формы значения этих величин, т. е. нельзя переносить на следующую строку. Последняя цифра числа отбивается от обозначения единицы на 2 п., в т. ч. и от обозначений °С и %, кроме спец. знаков, поднятых на верхнюю линию шрифта (...° ...' ..."), которые требуется писать слитно с последней цифрой». Таким образом, верно: источник питания 230 В, предохранитель 5 А, 110 кВ.

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?