Запятая не нужна: здесь как = в качестве.
Вероятно, разница в том, что слово коронавирус русский язык заимствовал, а сочетание папиллома-вирус образовалось в русском языке соединением самостоятельно существующих слов.
Следует писать раздельно: не предусмотренные инструкцией.
Запятая ставится перед словами "и то".
Корректно: Совы не то, чем кажутся или что мы видим.
Запятая перед чем не нужна, т. к. оборот не содержит сравнения. Ср.: Футболист зарабатывает намного больше, чем ученый.
По основному правилу тире не требуется.
Слитное написание правильно. Первая часть сложных слов нано... пишется слитно.
Географические названия в сочетании со словом озеро обычно не склоняются. Корректно: на берегу озера Наговье.
В таких случаях ставится соединительное тире: Отношения учитель — ученик очень сокровенны.
