Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.

Написание буквы з в слове низвергнутый (а также в родственных словах с начальной частью низверг(ж), например: низвергать, низвергнуть, низвержение) подчиняется правилу о приставках на з/с. Приставка выделяется при сравнении со словами свергнуть, отвергать, повергнуть. В орфографии принят более этимологичный подход к членению слова на морфемы, чем в морфемике. Этим часто объясняются расхождения в морфемном членении слова в разных источниках.

В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина о подобных случаях говорится: 

«§ 73. Обороты со словами смотря по, начиная с, потерявшими свое глагольное значение и перешедшими в предлоги и предложные сочетания, не обособляются: Будем действовать смотря по обстоятельствам (ср.: по обстоятельствам); Начиная со вторника погода резко изменилась (ср.: Со вторника погода резко изменилась). Если же эти обороты имеют значение уточнения или присоединения, то они обособляются: Будем действовать умело и быстро, смотря по обстоятельствам; На прошлой неделе, начиная со вторника, погода резко изменилась».

В приведенном контексте оборот с предлогом начиная с не имеет значения уточнения или присоединения, он образует смысловой центр предложения и не нуждается в обособлении. 

Деепричастный оборот следует заменить причастным, как Вы сделали.

Знаки препинания расставлены правильно.

В современном литературном языке слово "контроль" имеет варианты управления: контроль над чем - контроль за чем - контроль чего. Грамматисты полагают, что конструкцию "контроль над чем" предпочтительно употреблять при существительных не глагольного происхождения, обозначающих конкретный предмет, и при существительных одушевленных (контроль над финансами, но: контроль за финансовой деятельностью; контроль над молодыми специалистами). Конструкция с предлогом "за", более современная, применяется в тех случаях, когда зависимое слово - отглагольное существительное, обозначающее действие (контроль за выполнением задания, контроль за посещаемостью). Конструкция "контроль чего" характеризуется стилистической ограниченностью: она встречается преимущественно в специальной литературе (контроль заданных температур, контроль выхода автобусов на линию). Так что в интересующем Вас случае предпочтительно: контроль за порядком проведения работ . 

При цитировании желательно ставить кавычки независимо от того, на каком языке идет цитата.

Относительно наименований единое правило для всех дать невозможно. Общий подход: если название дается в кириллическом тексте на английском (без транслитерации), то оно пишется так, как в языке-источнике. При этом нужно различать нарицательные понятия, которые пишутся со строчной (напр., helicopter view, soft skills), и наименования компаний, мероприятий и т. п. — с прописной.