В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Для этого нужно поставить ударение над словом что либо выделить его курсивом или каким-то иным способом. Запятая перед ним нужна в любом случае.

Эти сложные синтаксические конструкции, встречающиеся в разговорной речи, интересны тем, что в них часть как зовут которого зависит и от глагола не знаю, образуя с ним изъяснительное придаточное с союзным словом как, и от существительного парень, образуя с ним определительное придаточное с союзным словом который. Пунктуация в таких конструкциях не кодифицирована, но, расставляя в них знаки препинания, можно найти опору в справочниках. Прокомментируем оба примера.

1. Мне понравился парень, которого не знаю, как зовут. Главная часть не знаю находится внутри придаточной части которого как зовут. В таких случаях запятая обычно ставится только после главной части (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, раздел 21, п. 2).

2. Мне понравился парень, как зовут которого – не знаю. Придаточная изъяснительная часть как зовут которого предшествует главной части не знаю. Для её интонационного отделения ставится тире (см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, параграф 38.1).

Таким образом, предлагаемое Вами пунктуационное оформление конструкций представляется корректным. 

Исчерпывающего списка слов и сочетаний, которые могут быть вводными или выполнять функцию обстоятельств в зависимости от решения автора, в доступных нам источниках не приводится. Очевидно, его составление — непростая исследовательская задача, требующая анализа большого массива текстовых данных. По предварительным подсчётам, список будет включать более двухсот единиц. Описание многих из таких слов приведено в «Справочнике по пунктуации» — с ним рекомендуется сверяться в каждом сомнительном случае. 

В справочниках не говорится особо о постановке знаков препинания при именных сказуемых с оценочным значением. В приведенных случаях оценочные слова попадают в позицию именной части составного сказуемого. Полагаем, что к ним применимы правила постановки тире между подлежащим и сказуемым, выраженными существительными.

1. Отсутствие запятой после слова технологий устанавливает связь между ним и УМВД: преступлениям, совершаемым с использованием информационно-телекоммуникационных технологий (каких? чьих?) УМВД по Тюменской области. Очевидно, что причастный оборот, относящийся к определяемому слову преступлениям, заканчивается именно на слове технологий, поэтому запятая после него нужна.

2. Это прямая речь, но в примечании к параграфу 136 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) сказано, что прямая речь не выделяется кавычками, если нет точного указания, кому она принадлежит (прямая речь вводится безличным или неопределенно-личным предложением): Недаром говорится: дело мастера боится (посл.); Про него говорили: строгий, но справедливый.

Удалить в значении 'устранить что-л. оперативным путём; вырезать' – слово, характерное для медицинской речи. С ним такое неточное, разговорное употребление вряд ли возможно, поэтому корректно: удалить опухоль. 

Слово рак вместо опухоль может использоваться в разговорной речи, но с другими глаголами, в первую очередь –  вырезать.  Ср.: Месяца два назад у его сестры вырезали рак, и теперь все ждали возврата болезни (А. Чехов, Три года).

Если Вы уже прочли наш раздел о склонении фамилий, то мы можем только подтвердить, что правила этого раздела продолжают действовать и по ним фамилию Буча нужно склонять. Дополнительно можно обратиться к ресурсу портала «Современный русский». Наши рекомендации и рекомендации коллег основаны на одних и тех же грамматических правилах. 

Отдельного орфографического правила, регламентирующего написание названий банд, нет. Но вполне можно руководствоваться общим правилом, которое гласит, что в названиях, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки, в нем пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена: банда «Черная кошка».

На первый взгляд может показаться, что значения прилагательных огородный и огороднический дают возможность охарактеризовать магазин обоими словами. Огородный — 'относящийся к огороду, связанный с ним'; огороднический — 'относящийся к огородничеству, огородникам'. Но прилагательное садово-огородный, соотносимое со словами сад и огород, закрепилось как характеристика магазина, а также инвентаря, инструментов для сада и огорода. Садово-огороднический употребительно в названиях таких организаций, как товарищество, объединение, кооператив и под. Рекомендуем придерживаться сложившейся практики словоупотребления.