С большой буквы нужно писать официальные названия министерств, отечественных и зарубежных (то есть писать так, как эти названия оформляются в документах). А вот сочетания типа "минздрав США" можно написать со строчной.

Аббревиатур, которые пишутся строчными, немного, в их числе: вуз, дот, дзот, возможно написание строчными аббревиатуры загс (при наличии и варианта ЗАГС). Написание таких аббревиатур строчными связано с многолетней традицией их употребления.

Запятая не ставится внутри выражений фразеологического характера с двумя повторяющимися союзами и…и, ни…ни, ср. и туда и сюда, и так и этак, ни тот ни другой и т. д.

1. Т. е. сначала был нанесен ущерб, а потом причинено увечье? В этом случае фраза возможна. Только вот "повреждение здоровья" - некорректно.

2. "Способы" могут "исключать". Убрать слова "в порядке" можно.

Именование психатрической лечебницы словосочетанием дурацкий дом изредка встречается в литературе: Тот, который бы предложил им о купечестве, конечно б посажен уже был в дурацкий дом [Д. И. Фонвизин. Торгующее дворянство (1766)]. 

Кавычки нужны при указании на полное официальное наименование документа. В нашем случае название дано не полностью (но уже поправили на полное название, с кавычками). А вот "основы" в кавычки не заключаются.

Такое употребление некорректно. Если под словом данный имеется в виду словарь, то верно: ...при работе с ним.

Определяемое существительное может быть опущено, например, в неполном предложении, но это не тот случай.

Запятая нужна, а вот второе тире при приложении не ставится, оно поглощается этой запятой: ...братья нашли своего настоящего отца — Дмитрия, который исчез из их жизни, когда те ещё были детьми.

Форма ущелий делится на морфемы так: у-щел-ий-Ø. Морфема -ий является суффиксом. В виде [й] этот суффикс представлен в остальных формах этого слова. Слова новоселье и взгорье имеют тот же суффикс.