Запятая не нужна. Деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется), ср.: Перед старыми заводами возникали десятки серьёзных проблем, не решив которые невозможно было перейти к новым методам постройки кораблей; Направо была дверь, пройдя которую можно было попасть в коридор, ведущий на сцену.

Если предложение или словосочетание, заключенное в кавычки, должно было бы заканчиваться запятой, но дальше следует продолжение текста, то запятая не ставится ни перед закрывающими кавычками, ни после них. Правильно: Рассмотрим «Положение о мероприятиях, направленных на улучшение содержания животных в неволе» в данном контексте. Подобный «прорыв в исследованиях, кардинально изменивший к лучшему жизнь животных в неволе» был совершен еще в прошлом столетии и не может более считаться новаторским.

Запятые не нужны. В первом предложении  из тех, что вызывают затруднения (по-видимому, после слова квартирам точки быть не должно, если Вы спрашиваете о запятой перед и строил), перед нами однородные сказуемые, соединенные неповторяющимся союзом и: привыкал и строил. Во втором предложении однородные сказуемые ловил, решал и наломал. Запятая перед союзом и при однородных членах ставится только тогда, когда союз повторяющийся, например: ловил, и решал, и наломал.

Обстоятельственное сочетание в семье потомственных физиков можно считать уточнением обстоятельства в Дубне (уточнение — это переход от более широкого понятия к более узкому); в этом случае логическое ударение будет нести как одно, так и другое обстоятельство. Однако обстоятельство в Дубне само по себе достаточно конкретно, а потому в обязательном уточнении не нуждается. Без запятой логическое ударение будет нести только обстоятельство в семье потомственных физиков.

Союз если часто употребляется, выражая условные отношения, сам по себе, без второй части то (см., в частности, многочисленные примеры в «Большом толковом словаре»), поэтому в постановке тире вместо запятой нет необходимости. Вместе с тем, если в сложноподчиненном предложении с условными отношениями придаточная часть предшествует главной, такое тире может быть поставлено — см. об этом пункт 1 параграфа 38.1  справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Правило таково: «Перед закрывающей кавычкой не ставятся точка, запятая, точка с запятой, двоеточие, тире; по условиям контекста эти знаки ставятся после кавычки: В газете был напечатан рассказ Бунина «Легкое дыхание»; Рядом с зарницей стоит в одном поэтическом ряду слово «заря» – одно из прекраснейших слов русского языка (Пауст.)» [Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / под ред. В. В. Лопатина. Люб. изд. § 159, п. 2].

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло. 

Возможны варианты пунктуации:

• Наденьте тёплую одежду, например горнолыжную, и возьмите термос с горячим чаем.
• Наденьте тёплую одежду (например, горнолыжную) и возьмите термос с горячим чаем.
• Наденьте тёплую одежду — например, горнолыжную — и возьмите термос с горячим чаем.

Если оборот выделяется запятыми, то после вводного слова например запятая не ставится. Вводное слово не отделяется запятой от оборота, в начале которого оно находится, если сам оборот выделен запятыми.

Запятая нужна. Пропуск запятой при двукратном повторении союза возможен только в случае употребления союза и (например: Кругом было и светло и зелено); в сочетаниях с союзом ни... ни... запятая не ставится только тогда, когда сочетание фразеологическое: ни то ни сё, ни себе ни людям и т. п. См. об этом параграф 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.