В указанном месте находится так называемый стык союзов. Запятая в таких случаях ставится или не ставится в зависимости от того, следует ли далее одиночный или двойной союз; см. параграф 123 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Союз когда одиночный (теоретически при нем могла бы быть вторая часть то), а значит, запятая нужна: Ведь мы забываем, что, когда мы кушаем, через некоторое время то, что мы кушаем, становится частью нас.

1. Предпочтительная пунктуация: Застройщик — общество с ограниченной ответственностью «Ромашка», юридическое лицо, имеющее на правах аренды земельный участок с кадастровым номером 00-00-00 и привлекающее денежные средства Участников долевого строительства, в соответствии с действующим законодательством, для строительства на этом земельном участке «многоквартирного жилого дома (первая очередь строительства)» на основании разрешения на строительство  00-00-00 от 01.01.01.

2. Верно: Участник долевого строительства — физическое или юридическое лицо, индивидуальный предприниматель, внесшие денежные средства...

3. Далее в тексте эти слова в кавычки не заключаются.

Наличие разных вариантов разбора может быть связано с тем, что в одних источниках описан современный морфемный состав слова, в других – исторический. С исторической точки зрения в слове начинаться может быть выделена приставка на- и корень -чин-. Но в современном языке приставка в этом слове уже не выделяется, поэтому не будет ошибкой назвать начин- корнем. Далее суффикс -а-, затем формант -ть-, который может быть назван как суффиксом, так и окончанием (единой точки зрения у лингвистов нет). И постфикс -ся.
Информация доступна здесь. 

Слово противень известно в русском языке с XVIII века. Оно восходит, как это было объяснено еще Далем, к немецкому Bratfanne 'сковорода (для жаренья)' (от braten 'жарить' и Pfanne 'сковорода'). Немецкое Bratfanne превратилось в русское противень путем переделки и переосмысления по народной этимологии, вероятно, под влиянием слова против. 

Для полного ответа на Ваш вопрос остается выяснить, являются ли родственными немецкие слова Brot ''хлеб' и braten 'жарить'. К сожалению, не имея под рукой этимологического словаря немецкого языка, ответить на этот вопрос затруднительно.

У носителей фамилий, которые совпадают с именами нарицательными, а а также с личными именами или географическими названиями, возникает стремление отличить эти фамилии при помощи переноса ударения (см. фамилии Крыса́, Бо́рец и под.), но чаще всего — при помощи несклонения этих фамилий. Поэтому несклонение подобных фамилий допускается. Однако фамилии, совпадающие с существительными жен. рода (Даль — даль, Метель — метель и т. п.), должны последовательно склоняться, так как именно склонение позволяет отличить их отсоответствующих апеллятивов: с Владимиром Далем, об Иване Метеле. 

Вначале уточним терминологию: это не местоимения, а прилагательные. Притяжательные прилагательные, образованные от имен собственных, пишутся с большой (заглавной) буквы: Юлин шарф, Шекспировы трагедии, Далев словарь, Иваново детство, Танина книга, Муркины котята и т. п.

Однако в составе фразеологических оборотов и в составных терминах эти прилагательные пишутся со строчной буквы, напр.: ахиллесова пята, каинова печать, филькина грамота; архимедов рычаг, венерин башмачок (растение) и др.

Притяжательные прилагательные, образованные от нарицательных существительных, пишутся со строчной буквы: мамин портрет, чертовы рожки, дядино письмо и т. п.

Психологи пишут о том, что важно отличать вину от чувства вины. В речи это разграничение тоже прослеживается. В обсуждаемых вариантах (фрагментах неведомых нам предложений) такое разграничение не провести по грамматическим основаниям. Некие причины, о которых говорится далее, относятся к чувству вины или к вине? Смысловая неясность предопределяет вывод: ни один из двух вариантов не «лучше». Стоит обратить внимание на то, как употребляется выражение чувство вины, на возможность использования глагольных выражений чувствовать вину перед кем-либо / за что-либо / оттого что.

Спасибо за дополнение!

В этом бессоюзном сложном предложении отношения частей не несут в себе значения причины (между частями невозможен союз потому что) или пояснения (невозможно добавить а именно), поэтому для двоеточия нет оснований. Точка с запятой в принципе возможна, но более уместным будет поставить точку, так как во второй части начинается новая мысль: Остаются ученики слабые. Им-то и можно иметь послабления, но тоже с условием. Можно с высокой долей вероятности предположить, что далее будет идти речь об этом условии, то есть мысль из второго предложения будет конкретизирована.