1. Верно: индивидуальный предприниматель... действующий на основании свидетельства. 2. Согласование зависит от смысла. Если на основании положения действует начальник, то верно: действующий. Если на основании положения действует управление, то верно: действующего.
Обороты с производными предлогами, например с предлогом в соответствии с, обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения (факторы, влияющие на постановку знаков препинания при таких оборотах, перечислены в приложении к справочнику по пунктуации). В Вашем случае обособить оборот целесообразно еще и для удобства чтения.
Верно: уровень, подобного которому раньше не было.
Правильна форма мужского рода: действующий. Сочетание генеральный директор пишется строчными буквами.