Да, это имя склоняется. Индианой Джонсом – корректно.

Слова такие как сопровождают ряд однородных членов после обобщающего слова, в данном случае это слово пиратов. Этот ряд имеет поясняюще-конкретизирующее значение и потому нуждается в обособлении. Справочники обращают внимание на то, что в подобных случаях после слов такие как не требуется двоеточие. Следовательно, корректно: Множество знаменитых пиратов, таких как Уильям Кидд, Роберт Друри и др., жили на острове и грабили купцов.

Дон в Испании и испаноязычных странах – форма почтительного упоминания или обращения к мужчине (употребляется перед именами собственными мужчин – представителей знати), т. е. это нарицательное существительное, и если мы возьмем какого-нибудь абстрактного дона Педро, в родительном падеже верно: слезы дона Педро. Однако в именах литературных героев Дон Кихот и Дон Жуан слово дон традиционно пишется с большой буквы и не склоняется (воспринимается как часть имени собственного). Правильно: слезы Дон Жуана, слезы Дон Кихота.

В настоящее время рекомендуются написания: М-4 «Дон», М-5 «Урал», Р-193 Воронеж — Тамбов (см.: Русское правописание с комментариями. Книга 4. Прописные и строчные буквы в собственных именах. Графические сокращения / Е. В. Арутюнова, Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова. М., 2023. С. 51).

Сейчас литературная норма: Уильям Шекспир. Раньше английское имя William передавали на русский язык как Вильям, отсюда прежний вариант Вильям Шекспир.