Корректно со знаком тире: врач — стоматолог-терапевт, пародонтолог, детский стоматолог. Слово врач в зависимости от типа текста можно и опустить. 

Такое необычное сочетание прописных и строчной букв само по себе выполняет выделительную функцию, поэтому не будет ошибкой опустить кавычки: границы названия и так достаточно хорошо видны. Но на практике это название чаще заключают в кавычки (в том числе при употреблении без слова группа).

В словосочетании самое основное ошибки нет. В предложении Я считаю, (что) доброта - лучшая вещь союз что можно опустить.

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Формы настоящего времени обладают категориальным значением одновременности (настоящего) по отношению к грамматической точке отсчета. Однако выделяются две основные разновидности прямого употребления форм настоящего времени: настоящее актуальное (конкретное настоящее время момента речи) и настоящее неактуальное. Настоящее актуальное характеризуется признаком отнесенности действия к моменту речи: Кажется, где­-то звонят, – говорит Аня (Чех.). Настоящее неактуальное не выражает протекания действия в момент речи. Эта разновидность охватывает ряд типов употребления. Подробнее об этом можно прочитать, например, в "Русской грамматике" (М.: Наука, 1980). 

В данном случае вводное словосочетание «во-вторых» не отделяется запятыми от сочинительного союза «а». Это связано с тем, что вводное словосочетание тесно связано по смыслу с сочинительным союзом и не может быть опущено или переставлено без нарушения структуры предложения. 

Словосочетание корректно. Примем во внимание и стилистические особенности предложения из научного текста (как можно уверенно предполагать), который должен отличаться точностью и однозначностью. «Перекличка» смысловых компонентов, или так называемая лексическая сочетаемость, представляет собой важное свойство слов в речевых оборотах.

В текстах для подготовленного читателя, знакомого с использованием слова в данном значении, можно кавычки опустить. В остальных случаях кавычки нужны.

В устной речи такое словосочетание допустимо, если есть уверенность, что адресаты высказывания поймут сокращенный вариант. В письменном тексте предпочтительным видится вариант без лексических пропусков.

Запятые здесь ставятся в соответствии с основным принципом русской пунктуации – структурным (синтаксическим), по правилу обособления определительного оборота, стоящего после определяемого существительного.