Перенести слово можно так: крос-совер, кроссо-вер.
Предложенные варианты соответствуют общим правилам переноса слов: не отрывать гласную букву от предшествующей согласной, из удвоенных согласных одна остается на строке, а вторая переносится. Перенос в соответствии с исторической структурой слова кросс-овер неудачен, так как будет затруднять чтение слова.
Корректно: музыкальный театр «Новая опера».
Запятая нужна: придаточное предложение что бросается в глаза выделяется с обеих сторон. Каждый из знаков (запятая и тире) ставится на своих основаниях.