Основа слова – это часть слова без формообразующих морфем. Соединительная гласная формообразующей морфемой не является, поэтому в основу она входит. В «Русской грамматике» (М., 1980) сказано, что прерывистыми основами являются только основы, содержащие постфиксы (кроме -те), например: смотрелись (основа смотре...сь), какой-либо (основа как...либо) и под. При этом в школе довольно часто соединительную гласную не считают частью основы.

Правы обе спорящие стороны. Слово багаж имеет собирательное значение. Это значит, что грамматическая форма единственного числа обозначает совокупность предметов. По этой причине форма мн. ч. хотя и может быть образована, но остается невостребованной.

Нужно закрыть запятой придаточное предложение если споры разные; желательно также построить вторую часть однотипно с первой (слово растение при этом повторять не нужно): Если споры одинаковые, растение является равноспоровым, а в том случае, если споры разные, — разноспоровым: из его спороцитов образуются микроспоры и мегаспоры.

Такой оборот речи некорректен.