Вы правы, доля не может подавать предложения. Причастие подававших нужно согласовать со словом сотрудники. Правила русского языка не запрещают согласовывать причастие с зависимым словом словосочетания.
Правильно: 100 % долей в уставном капитале ООО.
Словосочетание корректно.