Это не безличные предложения, здесь есть подлежащее. В русском языке подлежащее может называть не только субъекта, но и объект действия.
Оба предложения безличные, но связь между частями в них разная. Поэтому и знаки препинания будут разные. Корректно: Захочу — уйду из дома. А я-то думала, кто-то готовит обед.
Вы верно заметили: добавление отрицания превращает двусоставное предложение с грамматической основой документ существует в односоставное безличное (есть особая разновидность предложений — безличные отрицательные) с грамматической основой не существует.
Предложения, построенные по схеме «отрицательное местоимение на не- + инфинитив» (некому ругать), в современной русистике обычно характеризуются как безлично-инфинитивные (не безличные). Следовательно, в приведенном примере части сложносочиненного предложения принадлежат к разным типам, а потому запятую нужно поставить даже с учетом разночтений в справочниках.
Скорее, следует сопоставить предложения типа нет чего-либо – не было чего-либо – не будет чего-либо (так называемые безличные предложения). Нетрудно заметить, что в настоящем и будущем времени согласование сказуемого и дополнения по грамматическому роду не происходит (слова нет и не будет не имеют показателя рода). В прошедшем времени для подобных конструкций фиксированно употребляется средний род сказуемого (не было).
Оба предложения безличные. В первом грамматическая основа — печально было являться вестником. Это модель сложного четырехчленного сказуемого, которая восходит к составному именному сказуемому:
был вестником — являлся вестником (замена формальной связки на полузнаменательную) — было печально являться вестником (введение модального компонента печально, при котором, поскольку это не глагол, автоматически появляется формальная связка).
Во втором грамматическая основа — не годится молиться, это модель составного глагольного сказуемого (вспомогательный глагол имеет модальное значение).
Допустима трактовка второго предложения как двусоставного, поскольку в нем инфинитив вынесен в начало предложения (двойственный характер этой конструкции отмечался многими исследователями). В таком случае молиться — подлежащее, не годится — сказуемое.
Это предложение представляет собой результат отрицательной модификации утвердительного предложения С языком человек есть (существует). В нем подлежащее человек (И. п.). В отрицательной модификации предложения с такими глаголами (бытийными, т. е. сообщающими о бытии, существовании кого-л. или чего-л.) превращаются в безличные, а подлежащее принимает форму Р. п. и, таким образом, перестает отвечать определению подлежащего. Можно говорить, что это «разжалованное» подлежащее. С точки зрения формальной школьной грамматики от грамматической основы в этом случае остается только (не) было бы. С точки зрения не столь формальной грамматики в отрицательной модификации предложения каноническое подлежащее становится неканоническим, но все-таки подлежащим.
Что касается фразы Вас здесь не стояло, то она не имеет отношения к рассматриваемому типу предложений. Ошибка здесь даже не столько в построении предложения, сколько в неправильной форме слова - в том, что глагол стоять употребляется как безличный. Безличные глаголы обозначают действие, у которых нет производителя (смеркалось), или действие, которое мыслится как происходящее помимо воли субъекта (меня знобит). Стоять - действие, у которого есть производитель и которое не может происходить без его воли, поэтому безличной формы у глагола стоять быть не может.
Во второй части предложения есть формальное подлежащее – местоимение что, а значит, это двусоставное предложение. Получается, правило о непостановке запятой перед одиночными союзами и, или, либо, соединяющими структурно однотипные части, здесь не работает.
Вопрос об общем вводном слове в приведенном предложении не столь прост. С одной стороны, по смыслу слово наверное вполне может относиться как к первой грамматической основе (нездоровится), так и ко второй (что бывает), и это основание не ставить запятую перед союзом. С другой стороны, в предложении можно увидеть не предположения о том, что случилось (сравним действительно альтернативные версии: Наверное, ему нездоровится или его кто-то отвлёк), а сомнения в том, что слово нездоровится можно употребить по отношению к младенцу (в предложении не идет речь о двух предполагаемых ситуациях, а отражен поиск точного слова для обозначения одной ситуации). В таком случае вторая часть будет носить присоединительный характер, и это аргумент за постановку запятой перед союзом. В пользу этой версии может свидетельствовать то, что слово наверное невозможно присоединить напрямую ко второй части: *наверное, что там с младенцами бывает (тогда как предложение Наверное, ему нездоровится или его кто-то отвлёк легко раскладывается на два: Наверное, ему нездоровится и Наверное, его кто-то отвлёк).
Отметим, что приведенное предложение носит разговорный характер, а пунктуационные правила записи разговорной речи не разработаны детально, да и возможно ли их детально разработать, учтя все возможные варианты высказываний, – отдельный вопрос.