Родовое слово, обозначающее тип организации, пишется с маленькой буквы, если стоит не в начале предложения: общество с ограниченной ответственностью "Ромашка".

Если при заполнении форм эти слова не начинают предложение, их следует писать с маленькой буквы.

Слово общество, компания и т. д. пишется с большой буквы в середине предложения в документах, если перед этим в тексте содержатся слова вроде: Иванов И. И. с одной стороны и общество с ограниченной ответственность "Ромашка" (далее — Общество)...

Да, эти конструкции одинаковы, во втором случае тоже следовало бы ожидать двоеточие. Но, во-первых, постановка тире по правилам пунктуации здесь тоже возможна, а, во-вторых, пунктуация в художественном (особенно поэтическом) тексте зачастую используется автором для усиления выразительности; автору «простительны» некоторые пунктуационные вольности.

Здесь же  Сергей Михалков поставил тире, по-видимому, для того, чтобы не перегружать предложение двоеточиями, ведь полностью оно звучит так:

Но зато на стадион
Проходил бесплатно он:
Пропускали дядю Степу –
Думали, что чемпион.

Род аббревиатур обычно определяют по опорному слову в расшифровке аббревиатуры или же по родовому слову: НАТО (альянс) постановил, МГУ (университет) принял новых студентов, СНГ (содружество) выступило с инициативой, ЮНЕСКО (организация) объявила 2009 год Годом Гоголя.

В случае с такими аббревиатурами, как Росмолодежь, Минспорттуризм и т. п., род определяется по несокращенному компоненту (молодежь - ж. р., туризм - м. р.).

Больше информации о грамотном употреблении аббревиатур в тексте можно найти в статье Как склонять аббревиатуры.

Написание следующего за обращением, выделяемым восклицательным знаком, слова со строчной буквы в данном случае не ошибка, а характерная особенность письменной речи XVIII-XIX вв. («Остров Борнгольм» написан Н. М. Карамзиным в 1793 году). По современным правилам пунктуации здесь, конечно, должна быть прописная буква, с этим никто не спорит. Однако в текстах русских писателей-классиков продолжение предложения со строчной буквы после восклицательного знака – не редкость. В оригинальном тексте: «Друзья!  прошло  красное лето, златая осень  побледнела...»

В принципе выделительно-ограничительная частица лишь может относиться как к предшествующему, так и к последующему слову (сочетанию). Другое дело, что в данном случае, если предположить, что частица относится к знаем, смысл предложения будет неясен: лишь знаем, но не можем сказать, как звали того, кому трактат адресован?.. При отнесенности частицы к придаточной части таких логических затруднений не возникает, но предложение выглядит неудачным стилистически и требует редактирования, сравним: Парадоксальным образом мы знаем лишь имя того, кому трактат адресован.

Данная ситуация правилами не описана. Нужно пользоваться привычными для читателя средствами, чтобы текст был понятен. Набор курсивом — неудачное решение. Качество звука нужно описать лексическими средствами, а диалог оформить традиционным способом.

— Алло, это ты, что ли?

— Ага, кто же ещё, — потрескивающим из-за плохой связи голосом сказал Гена.

— И где ты?

— А, ну это, — неуверенно начал он, — в Москве, ясное дело.

— Чего?

— Ну, в Москве. — Гене явно было немного неловко. — А я не говорил разве?

Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант. 

Слово допустим действительно выступает здесь в качестве вводного, и его действительно невозможно убрать из предложения без потери смысла. Что касается частицы ну, то она может использоваться в разговорной речи во множестве функций, что демонстрирует словарная статья слова ну. Возможно, с помощью этого начального ну автор изображает речевые колебания, свойственные разговорному общению, ведь, судя по всему, он пытается быть на одной волне с читателем. Утверждать, что в приведенном тексте допущена ошибка, было бы слишком категорично. 

Так как слово кабинет уже фиксируется словарями в значении 'орган власти в государстве; то же, что правительство или его часть', 'состав министров, входящих в правительство' и при этом как усеченное официальное название пока не используется (ср. Дума наряду с Государственная дума), корректно написание со строчной буквы, если в тексте фраза воспринимается однозначно: В этом году будет сформирован кабинет. Если же возникает двусмысленность, то лучше использовать полное название Кабинет министров. 

В справочнике говорится об отсутствии отбивки запятой (точки) от предшествующего слова и необходимости отбивки тире от последующего. О позиции между знаками не говорится. В примере в издании 2014 года между запятой и тире пробела нет, но в самом тексте книги запятая от последующего тире последовательно отбивается, см., например, раздел, посвященный оформлению цитат (с. 180—181). Отбивка есть и в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина, и в руководствах по пунктуации Д. Э. Розенталя.