Знаки препинания расставлены верно.
Да, приложение учителю физики школы № 5 выделяется запятыми: Благодарность Ивановой Марии Алексеевне, учителю физики школы № 5, за выступление на семинаре.
Слова по своему обыкновению обособляются: Мария Захарова, по своему обыкновению, за словом в карман не полезла.
А что означает это слово? Если это название организации, то писать его нужно так, как это делается в учредительных документах (иными словами, нужно заглянуть в официальные бумаги).
Багульник горит, березка стоит голая. Во втором случае имеем составное именное сказуемое с так называемой знаменательной связкой.
Псевдоним, заканчивающийся на -а, склоняется (Р. п. — Мии Бойки).
Названия учреждений следует писать с маленькой буквы во всех перечисленных случаях. Варианты во второй школе, в тридцатой поликлинике встречаются в разговорной речи.
Грамматически предложение составлено верно. Стилистически его лучше перестроить, чтобы было проще воспринимать.
Следует поставить двоеточие: Всё просто: в профилях компаний указаны номера мобильных телефонов.
Используется знак №.