Часто эти морфемы взаимозаменяемы (как в случае со словами двусторонний и двухсторонний), но есть случаи, когда предпочтение отдается одному из вариантов (ср.: двувидовой, но не двухвидовой; двуединство; двухлетие). Такие слова проверяются по словарю.

Неизменяемое приложение, передаваемое на письме цифрами, присоединяется дефисом. Правильно: CeBIT-2009, РИФ-2009. Однако в том случае, когда перед цифрами стоит не слово, а сочетание слов, дефис заменяется на тире с пробелами: Российский интернет-форум – 2009.

Правила таковы. Неизменяемое приложение, передаваемое на письме цифрами, присоединяется дефисом: «Подписка-2010». Однако в том случае, когда перед цифрами стоит не слово, а сочетание слов, дефис заменяется на тире с пробелами: «Мисс мира – 2009».

Ссылаться нужно не на правило, а на словари. В тех случаях, когда существительные второго склонения имеют в форме именительного падежа множественного числа ударное окончание -А, это обычно указывается в лингвистических словарях. См. здесь.

Мужские и женские фамилии на -а, -я неударное, как правило, склоняются (песни Булата Окуджавы, прогнозы Павла Глобы, фильмы Анджея Вайды). Однако в тех случаях, когда фамилия совпадает с нарицательным существительным, допускается ее несклонение. 

«Словарь географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указывает, что географические названия в сочетании с термином мыс обычно не склоняются (кроме тех случаев, когда топоним выражен прилагательным): на мысе Челюскин, но на мысе Погодном.

С термином река склоняются простые русские, славянские и освоенные названия: на реке Неве, на реке Висле (но: на реке Иртыш – географические названия обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают).

«Словарь географических названий» А. В. Суперанской (М., 2013) указывает, что географические названия в сочетании с термином поселок обычно не склоняются (кроме тех случаев, когда топоним выражен прилагательным):  в поселке Цветном, но у поселка Плит.

Букву Ё следует писать в любом тексте (в соответствии с действующими правилами правописания) в собственных именах и наименованиях, а также в тех случаях, когда слово без точек над Ё может быть неоднозначно понято читателем. 

Нет, слова тем самым вводными не являются и не обособляются. В очень редких случаях, когда тем самым выступает в функции союза, перед ним ставится запятая: Нагрубил женщине, тем самым поставил себя в неловкое положение.