Слово комочиться — разговорное, относительно новое, образовано от слова комок, означает 'свертываться в комок, комки'. Так говорят о веществах, в составе которых появляются комки (лак комочится, каша начинает комочиться), о людях и животных, уютно свернувшихся в комок.

Трепетать — глагол первого спряжения. К сожалению, даже при поэтическом переносе ударения не может появиться окончание -им. Правильно: трепе́щем.

Это вполне достаточное объяснение: в террариуме присутствует грунт. Кроме этого, название террариум могло появиться как антитеза "аквариуму" - месту жительства "водных" обитателей.

Все верно, в слове уточка корень уточ- и суффикс -к-. Все дело в том, что в слове уточка появляется беглая гласная, которой нет в слове утка в форме именительного падежа ед. числа, но которую можно увидеть в форме родительного падежа мн. числа: (нет) уток.

В частях сложного предложения с параллельной структурой тире обычно ставится, но может и отсутствовать при меньшей интонационной расчлененности этих частей. См. параграф 16 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Для точного ответа не хватает контекста, но если речь идет об обозначении длительности чего-либо, то возможны оба варианта. Предлоги с и от в таких случаях синонимичны, при этом, как указано в справочнике «Управление в русском языке» Д. Э. Розенталя, у предлога от появляется добавочное значение исходного момента.

Да, именно автор интерпретирует связи описываемых явлений. 

Объяснение неполное и в чем-то неправильное. Например, корень, связанный с чтением, все же чередование содержит, ср.:  прочесть, прочёл, дочёл (в этих словоформах корень имеет форму -чес- и -чё-). Правда, е и ё появляются лишь под ударением, и этими формами редко проверяют безударную гласную, быстрее вспоминаются формы с ударным [и] — читаный, читарь, читка. Корни, которые Вас интересуют, подробно описаны здесь.