Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.

Пунктуация верна.

В значении предлога "в отношении чего-либо" слова в части могут употребляться только в непринужденной разговорной речи. Использовать их в письменной речи и особенно в официальных текстах — ошибка.

Точка в конце предложения после закрывающих кавычек не нужна. В остальном пунктуация верна.

Да, верно: в Архангельском порту; в комиссии при порте.

Есть еще несколько случаев, когда после согласных пишется э. Это написание после приставок или составных частей сложных и сложносокращенных слов (предэкзаменационный, сэкономить; двухэтажный, Мосэнерго); написание во многих собственных именах иноязычного происхождения и производных от них словах (Бэкон, Дэвид, Сэлинджер; Мэриленд, Тайбэй, Улан-Удэ, Хуанхэ). Кроме того, э пишется в названиях букв (бэ, вэ, гэ и др.), в составе аббревиатур, пишущихся по названиям букв, и слов, образованных от буквенных аббревиатур, напр.: бэтээры, кавээнщик, гэпэушник, кагэбэшный, в звуковых аббревиатурах и образованных от них словах, напр.: ГЭС, ТЭЦ, ВТЭК, НЭП, втэковский, нэпман. 

Но в целом закономерность, о которой Вы говорите, существует. По нормам русской орфографии не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква е (бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.

См. ответ на вопрос № 276185.

Корректно: Среди зимних вьюг, В воздухе морозном Сотни тысяч птиц Не летят на Юг.