К исконной лексике русского языка относят слова и устойчивые выражения, возникшие непосредственно в русском языке или унаследованные им от более древнего языка-предка. Тем самым в исконной русской лексике выделяются различные хронологические пласты: индоевропейская лексика, общеславянская лексика, общевосточнославянская лексика, собственно русская лексика. Происхождение слов, относящихся к этим пластам, описывается в этимологических словарях русского языка.
Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.
Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.
Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.
Приставочный глагол поднять (в зн.: ‘нагнувшись, взять с земли, пола’, ‘переместить выше’, ‘сделать более высоким’) был образован от ныне вышедшего из употребления глагола я-ти (в зн.: ‘брать’) с помощью приставки под- со значением ‘низ’ (см. «Этимологический словарь русского языка» Г. П. Цыганенко); ср. с однокоренным глаголом вз-я-ть (приставка вз-). Звук н появился под влиянием аналогии с корнем -ня- в глаголах, в которых корень такого вида возник в результате переразложения приставок и корня в глаголах с-ня-ть, в-ня-ть и т. п., первоначально имевших приставки сън-, вън- и корень -я-. Таким образом, первый этимологический корень ― это корень -я-, который преобразовался в результате переразложения морфем в -ня-.
Корень -ня- в современном языке является связанным (не употребляется самостоятельно, без других словообразовательных морфем). Этот корень выделяется при собственно морфемном анализе слова (разборе слова по составу), см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой.
При синхроническом словообразовательном анализе, задачей которого является не выделение корня, а установление отношений производности между словами в современном языке, подня- рассматривается как нечленимая непроизводная основа, см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова. Непроизводность основы на синхроническом уровне считается следствием утраты семантических связей с этимологически однокоренными словами и изменение значения приставки. Однако многозначная глагольная приставка под- сохраняет в современном языке в качестве одного из значений указание на направленность действия снизу вверх, ср.: под-бросить, под-прыгнуть и др., поэтому даже по этой причине вопрос о словообразовательной непроизводности глагола поднять является спорным.
Следует определиться с вопросом, чем является слово тысяча — существительным или числительным. Если тысяча — имя существительное, то оно должно управлять родительным падежом существительного голы (тысяча голов, тысячи голов, тысяче голов, тысячу голов — форма управляемого существительного во всех падежах сохраняется). Если тысяча — числительное, то оно должно согласовываться со словом голы в косвенных падежах. Иначе говоря, в формах косвенных падежей все количественные числительные должны употребляться с существительными в аналогичных падежных формах: тысяче голам, о тысяче голах и т. д. «Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой считает слово тысяча во всех значениях (в т. ч. в значении 'число и количество 1000') именем существительным. Согласно «Словарю русского языка» в 4 т. под ред. А. П. Евгеньевой («Малый академический словарь») и «Большому толковому словарю русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, слово тысяча — имя существительное только в значениях 'огромное количество, множество' и 'большие деньги, состояние'. А в значениях 'число 1000' и 'количество 1000' тысяча — количественное числительное. Академическая «Русская грамматика» 1980 года поясняет: существительные, лексически обозначающие число или количество кого-чего-н., во всех падежах управляют существительным, называющим считаемые предметы: тысяча человек, тысячей человек, тысячей рублей; о тысяче человек. Вывод: слово тысяча в дательном падеже является существительным и во всех падежах управляет зависимым от него словом. То есть корректно: Роналду приблизился к 1000 голов.
Существительное мужского рода мыш не отмечается словарями литературного языка, но оно встречается в диалектах, разговорной речи, художественных произведениях. Подобные примеры можно найти с помощью «Национального корпуса русского языка» или сервиса books.google.ru, см. также «Словарь русских народных говоров». Если автор использует слово мыш целенаправленно (например, как стилистическое средство), то исправлять его не нужно.
На практике все решается довольно просто: нормативность словоупотребления проверяется по нормативному толковому словарю русского языка. Например, Большой толковый словарь русского языка, опубликованный на нашем портале (и, кстати, созданный в Санкт-Петербурге), фиксирует оба слова: и бордюр, и поребрик. Причем без всяких диалектных или стилистических помет!
Так что единственная возможная рекомендация - почаще смотреть в словари.
По поводу этого слова у специалистов по орфоэпии нет единого мнения:
Большой орфоэпический словарь русского языка
КОМБАЙНЁР, комбайнёра, мн. комбайнёры, комбайнёрам (! не рек. комба́йнер...).
Словарь трудностей русского языка
комба́йнер, -а; мн. комба́йнеры, -ов и комбайнёр, -а; мн. комбайнёры, -ов
комба́йнер, -а; мн. комба́йнеры, -ов.
Действительно, в толковых словарях современного русского языка, в том числе в словарях новых слов, не представлены выражения цифра не бьется, цифры не бьются. С опорой на цитаты из публицистических текстов конца ХХ века можно небезосновательно предполагать, что речь идет об оборотах из профессионального языка бухгалтеров и тех, кто работает с разного рода статистическими данными.
На мягкий знак могут оканчиваться и существительные мужского рода (гость, огонь, кабель), и существительные женского рода (кость, ночь, ель). Единого правила нет. Носители языка обычно без труда запоминают род слов, узнавая эти слова в детстве, для взрослых людей трудности связаны лишь с несколькими словами (тюль, толь, шампунь, рояль). При изучении русского языка как иностранного род каждого слова приходится запоминать.