Современная орфография руководствуется правилом, согласно которому в словах такого типа под ударением пишется о, а без ударения — е. Например, плащо́вый, но плащево́й.

Ваши сомнения оправданны. На первый взгляд может показаться, что недочитать и не дочитать означают одно и то же и достаточно одного раздельного написания. Однако есть контексты, которые подтверждают правильность фиксации в словаре слова недочитать, позволяют почувствовать специфические оттенки значения, отличающие недочитать от не дочитать. 

Если не прочитать это произведение, многое в поэзии Дорожкиной можно недочитать, недочувствовать, недопонять, а самого автора недолюбить.

И эту жизнь надо прожить достойно, потому что обещали тем, кто недомечтал, недочитал, недоучил, не дожил.

Возможно, потому, что им самим в детстве недочитали сказок родители.

Поэтому лучше перечитать, чем недочитать.

В этих предложениях нет значения прерванного, не доведенного до конца процесса чтения (ср. с не дожить из примера выше), здесь недочитать имеет значение 'читать мало, недостаточно' и раздельное написание невозможно.

Вы совершенно правы: управление заменить кого/что на кого/что (вместо заменить кого/что кем/чем) оценивается как норма лишь разговорной речи. Статью непременно исправим! 

Предложение Это очень удобно в городе, на который часто опускается туман верно, ошибок нет, править не требуется.

1. Недостает точки.

2. Запятая перед союзом и потому нужна, т. к. он соединяет части сложного предложения, связанные сочинительной связью.

Грамматически оба варианта корректны, но определяемое слово стоит слишком далеко от причастия, и это затрудняет восприятие. Можно поставить скобки, тогда читателю будет проще понять мысль автора: ...а также с оживающими в середине фильма (чтобы в финале помереть снова, и на сей раз окончательно) вроде бы уже мёртвыми злодеями.

Нормы согласования причастных и деепричастных оборотов подробно изложены в "Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию" Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (§ 211. Причастные обороты; § 212. Деепричастные обороты). Например: "Причастию, как глагольной форме, присущи значения времени, вида, залога. Значение времени в причастии относительное: в одних случаях наблюдается соотносительность времен, выраженных причастием и глаголом-сказуемым, например: видел детей, играющих на бульваре (видел в то время, когда они играли); в других случаях время, выраженное причастием, соотносится с моментом речи, предшествует ему, например: видел детей, игравших на бульваре. Ср.: а) В одной из комнат я нашел молодого парня, разбирающего за столом бумаги (В. Солоухин); б) В эту ночь, как нарочно, загорелись пустые сараи, принадлежавшие откупщикам (Герцен).