В данном случае слова а именно стоят перед присоединительным членом предложения (а не предложением), двоякое прочтение невозможно, поэтому двоеточие или другие знаки препинания после а именно не требуются.

1. Запятая поставлена правильно. Слово однако общим членом предложения не является, так как это вообще не член предложения, это противительный союз.

2. Вы правы, деепричастный оборот, стоящий после подчинительного союза либо союзного слова, должен отделяться от него запятой.

Спешим Вас успокоить: правила никто не менял. Пунктуационное оформление, о котором идет речь, встречается не так часто, поэтому о нем не идет речь в учебниках русского языка, о нем не говорят в школе (в школе изучают не все правила правописания, ведь задача школы – заложить базовые сведения, а не подготовить профессионального корректора). Это правило приведено в пособии Д. Э. Розенталя «Пунктуация» (и было приведено в изданиях прежних лет), но это очень подробный справочник, в нем рассмотрены многие частные случаи, о которых не говорится в других справочных изданиях.

В том случае, когда слова автора, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение (т. е. в них нет глагола речи сказал, закричал, воскликнул и т. д.) и когда прямая речь не заканчивается вопросительным знаком, восклицательным знаком или многоточием, точка после нее обязательна.

Мужская фамилия Складан склоняется как нарицательное существительное чемодан.

Дело в том, что есть правило: в сложносочиненных предложениях запятая не ставится, если обе части предложения обладают вопросительной интонацией, например: Ты понял меня или мне объяснить еще раз? Поэтому может показаться, что на основании этого правила в рассматриваемом предложении запятую ставить не надо. Но она всё же необходима, поскольку первая часть этого предложения (Ты обманул человека) представляет собой не вопросительное, а утвердительное предложение. На этом и сделан акцент в ответе. Если бы в конце стояла точка, запятая, конечно, тоже ставилась бы, но тогда и вопроса, скорее всего, не возникло бы.

1. Здесь нужно написать так, как в самом документе - проекте (проект Протокола или проект протокола).

2. Практика ставить точку перед закрывающими кавычками в таких конструкциях в документах существует. Однако все справочники по правописанию рекомендуют ставить точку всегда после закрывающих кавычек.

В русском алфавите 33 буквы, включая букву Ё. Отказать в написании буквы Ё в фамилии на лингвистическом основании нельзя. Более того, в фамилии Королёва буква Ё нужна, поскольку она предупреждает неправильное прочтение фамилии.

Следует склонять мужскую и женскую фамилию. Уточните, пожалуйста, источник ответа. Что касается вопроса, можно ли не склонять, то ответ может быть таким: а кто может заставить склонять?

1. Охватывает гнев: мало мне забот и бед, так еще и непутевые дети.

2, 3. Корректно.

4. Я отошел и, будто с завистью к его счастью, сказал плохие слова.

5. Тревожная Ольга нарушила веление (?) и, ослушавшись, направилась в лес.

6. Пунктуация верна, однако объединение обстоятельств в ряд однородных стилистически неудачно.

Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.