Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Написание слова мото-час подвели под правило: сложные единицы измерения, независимо от того, образованы ли они при помощи соединительных гласных или без них, пишутся через дефис (ср.: человеко-день, тонна-километр, киловатт-час). Это правило в целом является исключением из правила о сложных существительных, которые при наличии соединительной гласной пишутся слитно. В практике письма слово мото-час, видимо, чаще употреблялось в слитном написании, что соответствовало общему правилу. Возможно, лингвисты, фиксируя слово в орфографическом словаре впервые (это произошло в 1974 г.), видели, что написание подобных единиц измерения плохо подчиняется правилу. Если в 1956 г. было отмечено одно исключение трудодень, в 1967 Д. Э. Розенталь добавляет трудочас, позже в правилах фиксируется тоннажесутки. Из-за неустойчивости этой области письма, увеличения числа исключений, соответствующих общему правилу, лингвисты в начале ХХI в. предложили отказаться от правила-исключения и писать единицы измерения слитно. Однако проект, содержавший это предложение, был категорически отвергнут обществом, не принят на государственном уровне, и лингвистам пришлось перекодифицировать слово, подчинив его правилу-исключению.

После числа 200 указывать единицу измерения не требуется, но лучше указать, что речь идет о тысячах (то есть не следует опускать тыс.). Таким образом Вы не допустите разночтений. В отраслевых обзорах сокращать единицы измерения уместно.

Что касается пунктуации, то, если предложение продолжается, верно: Добыча нефти увеличилась на 50%, c 200 тыс. до 300 тыс. барр./сут., благодаря...

Предлог согласно всегда требует формы дательного падежа, исключений нет. Род слова который должен соответствовать роду соответствующего существительного: слово документация женского рода, поэтому верно: согласно которой.

Первое предложение следует перестроить или разделить на два. Дело в том, что местоимение который указывает на ближайшее к нему существительное того же рода и в том же числе. Здесь таким ближайшим существительным является слово уровень (а по логике фразы это должно быть слово руководство).

Во втором случае верно: Не предоставлена проектная документация, согласно которой...

Наречия с первой частью впол... (слушать вполуха, играть вполноги) следует отличать от пишущихся раздельно: а) сочетаний предлога в и сложного слова с первой частью пол... и второй частью – названием единицы измерения, б) сочетаний, передающих обычно значение большого размера, например: синяк в пол-уха, отёк в полглаза, румянец в полщеки, лысина в полголовы, очки в пол-лица, туча в полнеба.

Правильно:  отмель в полреки (размер), пашня в полгектара (единица измерения), занавес в пол-окна (размер).

Этот прием называется силлепсис или силлепс. Дадим определение из словаря-справочника «Культура русской речи» (М., 2007): риторический паралогический прием (в иной трактовке — стилистическая фигура), близкая зевгме, состоящая в объединении в перечислительном ряду логически, а иногда и грамматически неоднородных членов предложения как однородных. 

1. Возможны варианты пунктуации в зависимости от смысла: С 2001 года социально-экономическая ситуация в республике характеризуется отставанием от среднероссийского уровня прежде всего по объему инвестиций в основной капитал на душу населения или С 2001 года социально-экономическая ситуация в республике характеризуется отставанием от среднероссийского уровня, прежде всего по объему инвестиций в основной капитал на душу населения.

2. Кризисные последствия более существенно, чем по стране, отразились на республике.

3. Главным фактором стало понижение спроса на мировых рынках (и, соответственно, цены) на данные товары.

4. Сельскохозяйственная деятельность региона представлена главным образом молочным животноводством.